Заботы Гейзенберга об информации касались не только использования зарубежных источников. Информированность разработчиков внутри Уранового проекта была из рук вон плохой: отчеты о научно-исследовательских работах могли пересылаться только через Управление армейского вооружения, публикации результатов исследований запрещались, совещания и конференции проводились крайне редко, что приводило к искусственной разобщенности ученых. Обстановка взаимного недоверия, слежка и подозрительность доводили режим секретности до абсурда, когда он превращался из необходимой защитной меры, укрепляющей государство, в свою противоположность. Геринг, например, в 1943 г. запретил разработку радиолокационной системы потому, что это "могло натолкнуть противника на создание контрсистемы". В Урановом проекте был допущен не менее крупный промах в отношении использования французского циклотрона. Как известно, при оккупации Франции немцы получили в свое распоряжение почти готовый к пуску циклотрон в Париже, в лаборатории Фредерика Жолио. Вполне резонно было предположить, что этот циклотрон будет применен для важнейших ядерных исследований, тем более что в это время Вайцзеккер уже подошел к открытию плутония. Немецкие ученые участвовали в наладке, пуске и эксплуатации циклотрона, но не проводили на нем секретных исследований по программе Уранового проекта. Гейзенберг, обосновывая в июне 1942 г. перед Шпеером необходимость форсирования сооружения циклотрона в Германии, заявил, что парижский циклотрон не используется надлежащим образом из-за необходимости соблюдения секретности. Шпеер, судя по его реакции, считал эти доводы правильными .
А что же циклотроны, которые строились в Германии? В мае 1944 г. состоялся пробный пуск циклотрона в институте профессора Боте. В числе почетных гостей были А. Шпеер и А. Фёглер. Но пуско-наладочный период слишком затянулся. Затем циклотрон был поврежден при одной из бомбардировок. Еще хуже обстояло дело с лейпцигским циклотроном. Он был уже полностью готов, когда 20 февраля 1944 г. в здание института на Линнештрассе попала фугасная бомба. Гофман стал искать новое место для установки циклотрона и вскоре нашел полностью защищенную от бомбежек заброшенную горную выработку в 30 км от Лейпцига, в местечке Клостер-Хольц. Потребовались огромные усилия для того, чтобы составить и утвердить новую смету на приспособление старых шахт и монтаж циклотрона (более 1 млн. марок). Благодаря вмешательству Фёглера и Шпеера работы начались, но фронт неумолимо приближался к Лейпцигу. О монтаже циклотрона не могло быть и речи, а Гофман, как писали в июле Фёглеру, тяжело заболел: его нервы не выдержали, и он потерял рассудок.
Эвакуацию своих промышленных предприятий и институтов нацисты стыдливо называли "перемещением". Подготовка к эвакуации началась в первой половине 1943 г. и сначала преследовала цель рассредоточить объекты для меньшей их уязвимости с воздуха. Эвакуацией ведало министерство Шпеера. Война в это время шла еще на территории Советского Союза, и в ответ на директиву выбрать место для эвакуации профессор Боте, например, называл Вену. Это означало, что он со своим институтом физики должен был выехать из Гейдельберга на юго-западе Германии далеко на восток. Однако война все больше приближалась к границам Германии, и вскоре "перемещение" приняло ярко выраженный характер движения с севера и востока на юго-запад, в горы, навстречу войскам западных держав. К концу 1944 г. эвакуация потеряла всякую планомерность и превратилась в простое бегство.
Трудно себе представить, но нацисты одновременно с эвакуацией задумали провести реорганизацию всей системы военных исследований. Гитлер еще в середине 1940 г. специальным правительственным распоряжением запретил проведение исследований, которые не могли дать положительного результата в ближайшее время. К 1944 г. ошибочность этой концепции стала настолько очевидной, что даже в официальных документах писалось о "несвоевременном признании высокого значения фундаментальных исследований" и "горьком уроке рокового ошибочного решения 1940 г." Принципиальное пренебрежение фундаментальными исследованиями усугублялось отсутствием единого руководящего центра, который координировал бы военные исследования в масштабах страны. Основные текущие военные разработки проводились в собственных исследовательских организациях армии, авиации и флота, но значительная часть исследований велась в институтах Общества кайзера Вильгельма, университетах, высших технических школах, лабораториях промышленных фирм и других невоенных организациях. Тематику исследований и объем ассигнований определяли действовавшие подчас без должного контакта друг с другом имперское министерство науки, воспитания и народного образования, Общество кайзера Вильгельма, Главное управление четырехлетнего плана, Управление армейского вооружения, Управление вооружения авиации, Управление вооружения флота, промышленные фирмы.