Свидетельства Жемчужниковых пристрастны, потому что толстовские имения согласно завещанию должны были достаться им после смерти Софьи Андреевны, а она была так же бесхозяйственна, как и ее муж. Жемчужниковым же, конечно, небезразлично было, в каком состоянии достанутся им владения. Отсюда и заявление Н. Жемчужникова: «Пожизненное ее владение много причинило и еще причинит неудовольствии в моей жизни… Охранять нечего, когда все разграблено». Этими же мотивами, видимо, объясняется фраза в воспоминаниях Л. Жемчужникова, которой он солидаризуется (спустя много лет) с обвинениями в адрес Софьи Андреевны со стороны матери Алексея Константиновича («Чутко материнское сердце!»), фразы, как бы показывающей, что и он сам в свое время ошибся в Софье Андреевне.
О том, как в глубине своей души Софья Андреевна относилась к Толстому, судить трудно — письма ее к нему неизвестны. Но он писал: «Мне кажется, что я у тебя в сердце, как дома…» В его собственном отношении к жене преобладающим чувством была жалость. Судя по его стихам, ей вечно сопутствовали «тоска», «неведомые муки», «сомнения и заботы», «робость». Чувство вины, с юности завладевшее ею, не утихало с годами:
После смерти Алексея Константиновича Софья Андреевна жила в основном в имении Пустынька под Петербургом, в Петербурге, выезжала за границу. Встретивший ее в Париже Тургенев, пишет Анненкову: «Совсем, батюшка, заела ее добродетель: и теперь только что и осталось, что глядит мягко и говорит бескостно».
Во время русско-турецкой войны она поступила сестрой милосердия в госпиталь в Яссах и сама заразилась и переболела там тифом.
Софья Андреевна и ее племянница Софья Петровна Хитрово, жившая вместе с ней, создали в доме настоящий культ умершего поэта. В узком кругу близких лиц читались и перечитывались его произведения и письма, вспоминались эпизоды из его жизни, обсуждались его взгляды. С любовью сохранялись личные вещи поэта и его обширная библиотека.
Поэт и философ В. С. Соловьев, введенный в дом Толстого спустя год после его смерти своим другом, племянником Софьи Андреевны Д. Н. Цертелевым, застал там удивительную атмосферу высокой духовности и благородной романтики. Именно эта атмосфера, по свидетельству биографа В. С. Соловьева К. Мочульского, вдохновила его на создание теории о Софии-Премудрости, которая потом, в свою очередь, вдохновит юного Блока, написавшего во многом под влиянием соловьевского учения цикл «Стихов о Прекрасной Даме». Глубокое уважение и сердечную привязанность испытывал Соловьев к Софье Андреевне. Он делится о ней своими мыслями, поверяет ей свои творческие планы и житейские заботы. «Дорогая графиня, вы не поверите, как я ужасно вас люблю», — пишет он ей.
Петербургский салон графини Толстой, по свидетельству современников, выгодно отличался от прочих светских салонов: там, в атмосфере подлинного искусства, царили непринужденность и благородство тона, присущие самой хозяйке. Одевалась она очень скромно — вся в черном, «с вдовьей вуалью на седых волосах». Салон Толстой охотно посещали литераторы, художники, музыканты, артисты. Одним из наиболее интересных завсегдатаев салона был в последние годы его жизни Ф. М. Достоевский. Дочь Достоевского пишет в своих воспоминаниях, что Достоевский находил у Софьи Андреевны проницательный ум, «острый, как сталь». «Графиня, — пишет Л. Ф. Достоевская, — была очень образованна, много читала на всех европейских языках и часто обращала внимание моего отца на какую-нибудь интересную, появившуюся в Европе статью. Достоевский много времени тратил на создание своих романов и, естественно, не мог так много читать, как он бы этого хотел».