Вторая мировая война (Великая Отечественная) началась для Советского Союза 22 июня 1941 года. Уже через месяц после начала боевых действий, несмотря на решение Верховного суда от 28 мая 1940 года, принятое в закрытом заседании без рассмотрения дела и определившее Андрею Николаевичу меру наказания в виде пятнадцати лет исправительных работ (решение окончательное и обжалованию не подлежит!), Туполев оказывается на свободе. 9 июля 1941 года Туполев и двадцать его товарищей по тюрьме были помилованы. Президиум Верховного суда СССР в специальном постановлении объявляет о помиловании и отменяет вынесенные им приговоры.
Но до официальной реабилитации еще далеко. Лишь на XX партийном съезде в 1956 году, где Хрущев обвиняет своего предшественника Сталина в преступлениях, совершенных в период 1935-1941 и 1945-1953 гг., Туполев полностью реабилитирован и восстановлен в правах.
Между тем испытания самолетов проектов «103» и «103У», проведенные Научно-исследовательским институтом ВВС, показывают, что самолеты, на которых установлен двигатель АМ-37, по своим летно-техническим характеристикам превосходят все другие конструкции этого класса, существующие на тот момент, и полностью отвечают требованиям ВВС к пикирующим бомбардировщикам.
Годы войны
Едва оказавшись на свободе, Туполев немедленно включается в работу по эвакуации предприятия в Омск: вторжение немецко-фашистских войск на территорию Советского Союза создает реальную угрозу Москве. Непосредственная эвакуация 156-го завода началась 19 июля 1941 года, за три дня до освобождения Туполева. В Омске производственные мощности размещаются в недостроенном автосборочном заводе, а конструкторы занимают помещения Иртышского пароходства.
Омский завод получает номер 166. Вскоре здесь начинается выпуск АНТ-58 (Ту-2), однако в конце 1942 года последовало решение переориентировать производство на постройку истребителей Як-9, которые командование ВВС посчитало более необходимыми. Выпуск Ту-2 возобновляется в 1944 году. Летно-технические характеристики самолета – скорость 635 км/час и высота полета 8 000 м – делали бомбардировщик практически неуязвимым. В то же время прекращение производства двигателей водяного охлаждения АМ-37 вынуждает Туполева использовать мотор АШ-82 воздушного охлаждения, хотя скорость самолета с новым двигателем падает до 540 км/час, а высота – до 5 000 м. Тем не менее смена двигателя на самолете Туполева способствует наращиванию выпуска моторов АШ-82, которые используются также на строящихся в большом количестве штурмовиках Ил-2.
Осенью 1943 года угроза Москве полностью миновала, и Туполев со своим конструкторским бюро возвращается в родные пенаты. Основные работы после приезда ведутся над совершенствованием Ту-2. Удалось построить опытный образец значительно меньшего веса: вдвое сократился вес электропроводки, упростилась конструкция гидросистемы, общая протяженность гидравлических линий самолета сократилась с 447 до 112 м. Проще стали топливная и навигационная системы, оборудование кабины. В общей сложности вес самолета уменьшился примерно на 400 кг.
В 1945 году Туполев получает новое важное задание. Советский Союз в тот период боевых действий против Японии не вел. Однако в 1944 году вблизи Владивостока на Тихоокеанском побережье Советского Союза совершают посадку четыре бомбардировщика ВВС США «Боинг» В-29 «Стратофортресс», которые при нанесении бомбового удара по городам Японии получили повреждения огнем японских средств ПВО и были не в состоянии вернуться на свою базу. Сталин принимает решение полностью скопировать американский самолет, и три машины перебрасываются в Москву. Один самолет передают на завод № 30 для полной разборки, два других направляют в Летно-испытательный институт для оценки летно-технических характеристик, а четвертый оставляют в качестве эталона. В начале 1945 года перед Туполевым поставлена задача воспроизвести конструкцию В-29 и вывести советское самолетостроение на уровень, достигнутый Соединенными Штатами, которые значительно продвинулись в этой области за годы войны.
На Туполева возлагают персональную ответственность за принимаемые технические решения. Отныне его слово приобретает силу закона для любого министерства, отрасли и исследовательского учреждения, которые конструктор посчитает необходимым привлечь к работе. Таким образом, удается избежать многочисленных задержек, характерных для авиапромышленности Советского Союза, как, впрочем, и любой другой страны. Выполнение программы идет исключительно быстро, и уже в мае 1947 года, т.е. всего через год и восемь месяцев после начала проекта новый самолет Ту-4 – советский аналог В-29 – совершает свой первый полет.