Вместо обещанных 6 500 км, дальность полета самолета составляла всего около 3 500 км, и без посадки для дозаправки он был не в состоянии долететь до многих городов, расположенных в восточных и юговосточных регионах Советского Союза, а за счет этого терялось то самое время, которое самолет должен был экономить. Хуже того, второй серийный самолет разбился во время демонстрационного полета в Париже в 1973 году на глазах трехсот тысяч зрителей и журналистов. Отчет о причинах аварии так и не опубликовали, в советские времена это было не принято, но, по всей видимости, к самолету никаких претензий не было. Похоже, что основной причиной катастрофы стала попытка уйти от столкновения с неустановленным истребителем «Мираж» французских ВВС, с борта которого производилась киносъемка авиашоу. Тем не менее многие увязывали желание советского руководства захватить пальму первенства в этой области с поспешностью при проведении программы испытаний, и в связи с этим появилось немало неблагоприятных откликов.
К тому времени было уже выпущено пять серийных самолетов и еще пять находились в процессе постройки. После назначения А.А. Туполева Ответственным руководителем и Генеральным Конструктором административное и техническое руководство работами по проекту Ту-144 было возложено на Бориса Антоновича Ганцевского. Человек очень сложной судьбы, ученик И.Ф.Незваля, Б.А.Ганцевский выполнял очень сложную работу по внедрению на Воронежском авиационном производственном объединении новой модификации самолета – Ту-144Д (дальний). Выбор нового двигателя (одноконтурного бесфорсажного РД-36-51 -главный конструктор П.А.Колесов ) потребовал перекомпоновки самолета, особенно в части, связанной с энергетическими системами. Б.А. Ганцевский успешно справился со всеми проблемами на этапе выпуска чертежей. Но ему не удалось обнаружить и решить серьезные конструктивные пробелы, связанные с неправильным размещением топливной системы. Потребовались многочисленные исследования топливной системы, перекомпоновка технических отсеков, было упущено время и сроки оптимального внедрения дальнего самолета.
Самое главное, Б.А. Ганцевский, еще менее А.А. Туполева был приспособлен к «пробиванию» высоких кабинетов. Он не имел необходимого опыта внедрения самолетов, не имел авторитета для отстаивания своих позиций и положения для доказательства того, что сверхзвуковые самолеты нужны Советскому Союзу.
Б.А. Ганцевский был отправлен на пенсию в 1979 году. Всеми работами по программе Ту-144 стал руководить В.И. Близнюк и его заместитель Ю.Н. Попов.
В ноябре 1974 года пятый серийный самолет с новыми двигателями РД-36-51А, получивший название Ту-144Д (бортовой номер СССР-77105), в первый раз поднимается в воздух.
Хотя после катастрофы в Париже восторженности относительно Ту-144 у руководства «Аэрофлота» поубавилось, в конце 1974 года начинается подготовка летных экипажей. В качестве инструкторов выступают летчики-испытатели ОКБ Туполева. На самых ранних этапах испытаний самолета ТУ-144 к туполевским испытателям были подключены испытатели Государственного научно-исследовательского института гражданской авиации: летчики Попов В.Д., Кузнецов М.С., Юрсков Н.И., штурманы Абдулов И.Н., Вязигин В.В., бортинженеры Троепольский А.С., Венедиктов В.Л.(погиб при катастрофе первого самолета ТУ-144Д 23 мая 1978 года.)
Первый регулярный рейс на самолете Ту-144 по маршруту Москва-Алма-Ата выполнил экипаж Бориса Федоровича Кузнецова. Успешно работали экипажи под руководством Воронина В.П., Ларина А.А. (впоследствии директор департамента воздушного транспорта, генеральный директор авиакомпании «Россия», командир экипажа Президента Российской Федерации), Халимова Х.Х., Сморжка Г.П. Летчики, штурманы и инженеры гражданской авиации готовились для полетов на самолете Ту-144 на регулярной основе с 1975 года.
На первых Ту-144 учебные полеты совершались по маршруту Домодедово – Баку – Ташкент. Позднее, начиная с декабря 1975 года, грузы и почта перевозились регулярными рейсами из Москвы в столицу Казахстана Алма-Ату. В феврале 1977 года начались грузовые рейсы с неполной нагрузкой из Москвы в Хабаровск. На обоих маршрутах полеты на сверхзвуке проходили над малонаселенными районами. Командовал кораблем всегда летчик ОКБ Туполева.