Алексей Туполев к этому времени уже стал преемником отца и работал генеральным конструктором ОКБ, названного именем А.Н.Туполева. Это назначение для советской промышленности было довольно необычно. По сути, это единственный случай в практике авиационного конструкторского бюро, когда сын становится преемником своего отца. Алексей Андреевич назначает главным конструктором программы, получившей название Ту-160, Валентина Близнюка.
С самого начала предлагалось применить крыло с изменяемой в полете стреловидностью, хотя для создания крыла нужного размера еще не было ни материалов, ни технологий. Особенно большее внимание было уделено общей компоновке самолета, оптимизации силовой установки. Рассматривались различные варианты размещения воздухозаборников и двигателей, в том числе экзотические. (Например, на одном из этапов работы рассматривался вариант вертикальной «спарки», когда двигатели предлагали установить один над другим.) Анализ безопасности схемы и очевидные недостатки (возможность попадания керосина из верхней гондолы в нижнюю, возможность единовременного помнажа двух двигателей по одной причине) заставили отказаться от необычных вариантов. Конструкторы вернулись к достаточно традиционной схеме и сосредоточили силы на повышении характеристик самолета как носителя крылатых ракет, повышения общих характеристик авиационнотранспортной системы. В реализации этой программы участвовали многие специалисты ведущих научно-исследовательских институтов и даже инженеры других конструкторских бюро, а также работники других отраслей промышленности. Впервые в Советском Союзе была разработана собственная технология, аналогичная т.н. технологии «стел » с малым уровнем демаскирующих признаков, что позволяло уменьшить возможность обнаружения нового самолета радиолокационными станциями противника.
Моторостроительное конструкторское бюро, возглавляемое Николаем Кузнецовым, разработало для программы газотурбинный двухконтурный двигатель с форсажной камерой НК-32. Когда в 1980 году он был построен, для проведения оценочных испытаний двигатель установили на испытательной летающей лаборатории Ту-95ЛЛ. Каждый двигатель НК-32 развивал с форсажной камерой тягу 25 000 кг. Многие системы, уже использованные в конструкции самолета Ту-22МЗ, были адаптированы для Ту-160. В то же время от электронных версий искусственного горизонта, гирополукомпаса и указателя крена пришлось отказаться как от не в полной мере удовлетворяющих заданным требованиям. На самолете широко применяется титан, составляющий 20 процентов массы корпуса. Подверженные сильному нагреву передние кромки крыла, а также коробчатый лонжерон центроплана длиной 12,4 м и шириной 2,1 м с боковыми приливами из сплавов алюминия изготовлены из титановых сплавов. Лонжерон центроплана используется для размещения топливных баков. Широко применены композиционные материалы из углеродного волокна и стекловолокно. Топливные баки, оформленные в виде кессонных конструкций, размещаются и в отъемных частях крыла, которые изготовлены из алюминиевых и титановых сплавов. К центроплану отъемные части крепятся на шарнирах, таким образом, угол стреловидности можно изменять в пределах от 20 до 65 градусов.
В герметичной кабине самолета размещается экипаж в составе четырех человек, каждый член экипажа имеет катапультное кресло К-36ЛМ, отстреливаемое на любой высоте, в том числе с земли. Вход в самолет осуществляется по выдвижному трапу через люк, расположенный в нижней части фюзеляжа. Кабина, рассчитанная на длительное патрулирование, оснащена креслами с отклоняющимися спинками для отдыха, а также оборудованием для приготовления пищи и туалетом. На борту самолета имеются также скафандры, предназначенные для аварийного покидания самолета. Передняя опора шасси имеет управляемое колесо, а две основные опоры оснащены телескопическими выдвижными стойками, которые удлиняются при выпуске шасси и раздвигаются в стороны, расширяя колею шасси на 600 мм.
Оборудование самолета включает инерциальную навигационную систему, которая дублировала навигационную систему «Астрал», радиолокационную систему дальнего обнаружения наземных и морских целей, активно-пассивную систему постановки радиопомех, оптико-электронные бомбовые прицелы, устройство определения источников теплового излучения, способное обнаруживать приближающиеся самолеты и ракеты. На Ту-160 имеется более сотни цифровых процессоров, в том числе восемь цифровых навигационных компьютеров. В качестве органа управления в кабине экипажа впервые была применена строевая ручка управления, ранее применявшаяся только на истребителях. В задней части фюзеляжа располагаются плоскости, подавляющие и отклоняющие сигналы радиолокационных станций.
Выбор состава оборудования, комплексирование и отработка систем проводились под руководством Л.Н. Базенкова (сына Н. Базенкова).