Кризис горского конфедеративного проекта и сдвиг от демократизаторского национализма времен перестройки в сторону военизированного ислама ознаменовал начало заката траектории Шанибова-политика. Он оставался совершенно невоенным человеком. На довольно забавном фото, снятом в одном из санаториев Абхазии, у цветника перед входом в курортного вида корпус солидный Шанибов в фетровой шляпе и костюме при галстуке являет разительный контраст молодым бородачам из кабардинского отряда, пестро наряженным в камуфляж, джинсы, головные банданы, разгрузки, лихо перепоясанным пулеметными лентами – типичные рэмбообразные боевики начала девяностых. Шанибов также остается слишком узнаваемо советским интеллигентом, чтобы выглядеть вполне естественно при отправлении исламских обрядов. Его риторика, при всем национальном уклоне, была слишком сродни риторике российских демократов Собчака и даже Ельцина, но никак не риторике исламистов.
Война в Абхазии стала тяжелейшим периодом в жизни Шанибова. Его юный сын был подло убит, и что хуже всего, вне поля боя, уже после изгнания грузин. Говорили о сведении счетов. Сам Юрий Мухамедович о мотивах этого преступления и преступниках предпочитает не говорить. Возьмем и мы скорбную паузу.
Сам он был тяжело ранен дурной (уместнее слова не подобрать) пулей: молодой абхазский часовой у входа в кабинет, где шло совещание, играясь, уронил на пол автомат с патроном, досланным в патронник; на предохранитель автомат, разумеется, поставлен не был, и очередь прошила стену, ранив в ноги Шанибова и абхазского генерала. Местные хирурги рану залечить не смогли, и тогда за дело взялся кабардинский доброволец из Сирии, практиковавший народные снадобья на травах – рецепт, унесенный его семьей с Кавказа во времена мухаджирства. Подобный романтический способ лечения помог было Шанибову нарастить плоть, однако проблемы с поврежденной костью заставили его, затем, провести почти два года в российских военных госпиталях. Там он и стал читателем работ Бурдье, только что впервые переведенных на русский.
Фактически, ранение поставило крест на политической карьере Шанибова. Но даже до этой нелепой случайности он уже многим казался анахронизмом. В Москве Шанибов терял политические связи по мере консолидации власти Ельцина в конфронтации и, окончательно, после разгона Верховного совета. Для краткости скажем метафорично, что изобиловавшие водоворотами течения московской политики оказались слишком мутными и бурными для Шанибова, не сумевшего избежать промахов. Его политическая среда исчезла вместе с аналогичными ораторами от оппозиции образца 1990–1993 гг. В Абхазии и Чечне молодые и напористые полевые командиры прибирали к рукам как планирование операций, так и поступающие финансы. Роль Шанибова (недаром его называли тамадой Конфедерации) свелась к провозглашению идеологических лозунгов и участию в публичных мероприятиях в поддержку Абхазии. Но одних символических ресурсов для обеспечения политической позиции уже явно недоставало, да и война в Абхазии подошла к концу.