Официальное преподавание диалектической философии, истории партии как и в значительной мере политэкономии капитализма, выводилось из унаследованного марксистско-ленинского канона и почти целиком были обращены в прошлое. В годы десталинизации советские идеологические руководители стали ощущать насущную необходимость в обращенной в будущее и при этом научно обоснованной легитимации коммунистического проекта. По крайней мере до 1968 г. советские вожди считали необходимым и возможным выдвинуть собственный аргументированный ответ на вызовы новой эпохи. Так была учреждена новая общественная дисциплина, получившая название научного коммунизма. Социологические и реформаторские интересы Шанибова вполне подпадали под рубрику новой дисциплины. Подобно немалому числу молодых обществоведов его поколения, Шанибов воспринимал переход на кафедру научного коммунизма как необходимый компромисс, если не весьма интересную возможность. В первые годы предмет научного коммунизма оставался неопределен, в то время как упор на научность предполагал (как казалось) эмпирические подходы, соприкосновение с научно-техническим прогрессом, методологическое новаторство (чего стоили количественные методы и компьютеризация!) и даже выход, в порядке критики современной буржуазной идеологии, на сверхмодную в те годы футурологию. Все это порождало большие надежды и иллюзии.
Последовавшее за выступлениями 1968 г. подавление молодежного бума в области социальной науки не было по-сталински беспощадным. Скорее, оно было удушающим. После «пражской весны» кафедры научного коммунизма были усилены стойкими приверженцами партийной линии, в основном переведенными с доказавших свою благонадежность кафедр политэкономии социализма и истории КПСС. Большинство преподавателей научного коммунизма проявило благоразумие в выборе между комфортабельной карьерой и перспективой лишиться места. Старшие коллеги относят тогдашние затруднения Юрия Шанибова на счет его излишней активности и нелегкого характера:
Вдобавок карьерные перспективы Шанибова ограничивались двумя новыми реалиями семидесятых. Первым стало быстрое заполнение вакантных мест в номенклатуре, в изобилии появившихся в годы десталинизации. Позиции оказались заняты людьми лишь немногим старше самого Шанибова. Однако они уже успели распределить между собой теплые места и создать прочные сети патронажа. Карьерное продвижение замедлилось и в последующие годы почти остановилось. Соответственно, Шанибов стал рассматриваться уже не в качестве перспективного выдвиженца, а скорее слишком напористого и опасного соискателя чужого места.
Во-вторых, изменение политики борьбы с преступностью поставило под вопрос личный опыт Шанибова, фигурировавший в его диссертации. Вскоре после прихода к власти Брежнева было воссоздано союзное Министерство внутренних дел и патрули добровольцев оказались под плотным контролем районных отделов милиции и комитетов партии. Народные дружины и студенческие оперотряды (как они теперь официально именовались) были превращены в очередную формалистическую симуляцию добровольческого энтузиазма масс. Власти возвращались к более традиционным средствам социального контроля. Милиция получила указание очистить улицы крупнейших городов от всех нарушителей правопорядка, а суды после прекращение послаблений и экспериментов времен хрущевской «оттепели» теперь быстро и сурово осуждали на значительные сроки заключения за достаточно незначительные преступления, в большинстве рядовых случаев не особо утруждаясь доказательной базой.