Вернувшись домой, Басаев создал диверсионно-разведывательную группу для «защиты свободы и интересов ЧРИ и её президента». Был в Карабахе, воевал на стороне Азербайджана (конец 1991-го — начало 1992 г.). В ходе грузино-абхазского конфликта командовал войсками Конфедерации народов Кавказа.
В июле 1994 г. «абхазский батальон» вёл в Грозном бои с группировкой Руслана Лабазанова. Формирование Басаева также сыграло свою роль во время неудачной попытки штурма чеченской столицы отрядами оппозиции. Басаев считался одним из наиболее близких соратников первого чеченского президента. Личный состав «абхазского батальона» осуществлял охрану Дудаева.
К началу войны с Россией под командованием Басаева находилось около двух тысяч человек. После разгрома в Ведено батальон насчитывал 200–300 человек. Они-то и составили костяк отряда, который 14 июня 1995 г. начал проведение террористической акции в Будённовске, в результате которой были убиты более ста мирных жителей, в числе которых были и беременные женщины, — такова доблесть «чеченского Робин Гуда»
После этого рейда Басаев стал «национальным героем». (
21 июля 1995 г. Басаеву «за особые заслуги перед Отечеством, проявленные мужество, самопожертвенность по отражению российской агрессии» приказом Дудаева было присвоено звание бригадного генерала (досрочно).
В декабре 1995 года он был одним из руководителей штурма Грозного. На президентских выборах 1996 года выставил свою кандидатуру (в паре с Вахой Ибрагимовым) и получил 23,7 % голосов. В феврале 1997 года на учредительном съезде «Партии свободы» стал её почётным председателем.
Попробовал Басаев себя и в качестве чиновника. В апреле 1997 г. он стал заместителем председателя правительства Чечни. Ему было поручено курировать «промышленный блок». И это в республике, где промышленность разрушена полностью. Руководство это означало на самом деле контроль за «трубой» — добычей и изготовлением полукустарного бензина.
10 июля 1997 года наступил кризис во взаимоотношениях с президентом Масхадовым, и Басаев подаёт в отставку — «по состоянию здоровья». Однако здоровье скоро пошло на поправку, что отразилось на занимаемых Басаевым «государственных» постах: в начале 1998 г. «умиротворённый» Масхадов поручил своему врагу сформировать новое правительство. Брат, Ширвани Басаев, стал руководителем Госкомитета ЧРИ по топливу и энергетике, то есть семья Басаевых полностью поставила под контроль нефтяной бизнес, убрав с дороги дудаевских выдвиженцев и функционеров старой нефтяной мафии, представленной тейпами Мялхи и Орстхой-цечой.
Летом 1999 г. удача отвернулась от профессионального террориста, возомнившего о своей исключительности. Вторжение в Дагестан стало переломным моментом. 10 августа Басаев официально возглавил «вооружённые силы исламской шуры». На него возложили обязанности «военного амира объединёнными силами моджахедов Дагестана на период полного изгнания кафиров со священной дагестанской земли».
Вторжение в Дагестан стало началом конца, приведшего Басаева на минное поле, когда зимой 2000 года он вместе с толпой боевиков пытался вырваться из окружённого федеральными войсками Грозного. Но смерть не пришла за ним в тот день. Это было бы очень просто, даже гуманно. Мучения физические — ему ампутировали ногу — ничто по сравнению с душевной гангреной. На глазах у террориста Россия вновь утверждается на Северном Кавказе. Дело, которому он отдал всю свою сознательную жизнь, проиграно.
Встать, суд идёт!