Им овладело лихорадочное беспокойство. С началом войны он все чаще ездил из одного зарубежного центра разведки в другой. Чем больше становилась тяжесть работы, которую он сам на себя взвалил, тем нетерпеливее он становился. Его живой ум и врожденная способность комбинировать, еще больше развившаяся с годами, зачастую позволяли ему угадывать суть дела быстрее, чем ему ее преподносили. Пространные доклады нервировали его. На крупных заседаниях, которые проводились совместно с другими учреждениями, где он должен был участвовать, ему становилось трудно справиться со своим нетерпением. Во время докладов, которые читались с большой серьезностью, он усмехался и высказывал вполголоса иронические замечания, так что господам, которые его сопровождали, часто было очень трудно сохранять серьезность. Его подчиненным пришлось научиться преподносить ему все в самой короткой и сжатой форме. В противном случае у них не было никаких шансов поговорить с ним о своих делах. С другой стороны, то, что в результате этого иногда приходилось опускать не слишком важные детали, таило в себе определенную опасность. Если какой-то отдел входил в конфликт с другими учреждениями, что было неизбежным вследствие многократно пересекающихся компетенций в чрезвычайно сложной ведомственной ситуации в Третьем рейхе — будь то вермахт, партия, СС или гестапо, — тогда несчастный руководитель отдела должен был приготовиться выслушивать упреки Канариса: «Мне неправильно доложили!» Во время таких неудач он целиком снимал с себя всю ответственность, что, впрочем, не мешало ему с величайшей энергией и всеми силами вступиться за своего подчиненного.
Нетерпение заставляло его ненавидеть все общественные виды транспорта. Он ездил по возможности на автомобиле, на дальние расстояния — самолетом. Один из его ближайших сотрудников, рассказывая о его почти детском нетерпении, приводит в качестве типичного примера случай в одной поездке. Канарис ехал поездом из Висбадена в Берлин. Сначала он ругал поезд, который все время ехал со скоростью около 100 километров в час, называя его «эта почтовая карета». Он заставил одного из сопровождавших его офицеров пойти к машинисту локомотива и заставить его ехать быстрее. Он не успокоился, пока офицер не пошел и не вернулся, сообщив, что передал приказ. Поэтому не удивительно, что один из профессиональных военных, который долгое время занимал ответственный пост под руководством Канариса, охарактеризовал его как «одного из самых трудных начальников в его тридцатилетней военной карьере». И все же все его подчиненные пошли бы за ним в огонь и в воду.
В особенности к нему были привязаны молодые подчиненные и женщины, работавшие в учреждении; от них он хотя и не требовал также полной отдачи и неустанной работы, но обращался с ними всегда с исключительной любезностью. Также его привычка, унаследованная от службы в морском флоте, при случае обращаться к своим подчиненным на «ты», способствовала тому, что между ним и младшими сотрудниками установились отношения, как у отца с сыновьями.