Однако уже в октябре 1941 года Государственный Комитет Обороны, учитывая наличие в стране крупной специализированной организации, Главсевморпути, и большой опыт, накопленный отечественными полярниками, изменил первоначальное решение. 15 октября начальника Главсевморпути И. Д. Папанина вызвали в Кремль. И. В. Сталин охарактеризовал сложившуюся ситуацию так: «Архангельский порт имеет сейчас и будет иметь в ближайшем будущем особо важное значение. Это на западе самый близкий к линии фронта свободный морской порт». В этот же день было принято решение о назначении И. Д. Папанина уполномоченным Государственного Комитета Обороны по перевозкам на Севере. Ему было присвоено воинское морское звание — контр-адмирал, и поэтому создалась двойственная ситуация при видимой самостоятельности — уполномоченный ГКО по званию подчинялся командующему Северным флотом вице-адмиралу А. Г. Головко и, конечно, наркому ВМФ адмиралу Н. Г. Кузнецову. Без поддержки и помощи ВМФ контр-адмирал И. Д. Папанин не мог принять ни одного важного решения.
17 октября 1941 года Иван Дмитриевич Папанин прибыл в поморскую столицу. Для штаба уполномоченного ГКО было выделено специальное помещение, оборудованное всеми средствами связи. С помощью местных партийных, советских и военных властей был укомплектован штаб, в который вошли 26 человек. Кабинет под номером 84 в Доме Советов стал известен отныне многим северянам и военным морякам.
А еще раньше в Архангельск стали прибывать первые иностранные суда. 29 августа на рейде Северодвинского плавучего маяка встали пассажирский лайнер «Импресс оф Канада» и сопровождавшие его английский крейсер «Нигерия» и три эсминца. На пассажирском судне прибыли советские, норвежские рабочие и служащие, вывезенные с угольных рудников Шпицбергена, которых пересадили на два наших судна, а лайнер принял на борт двести французов-де-голлевцев, которые уезжали в Англию.
Северный морской коридор в годы войны обслуживали около 800 транспортных судов и десятки боевых кораблей под флагами двенадцати стран: США, Великобритании, Франции, Норвегии, Польши и других, а также весь советский Северный военный и транспортный флот.
31 августа на рейде Архангельска появился первый морской караван союзников — шесть английских транспортов с боевым сопровождением. Они доставили в порт на Двине оборонные грузы, включая самолеты «Харрикейн». В английском адмиралтействе операция по проводке этого каравана получила наименование «Дервиш», позднее самому конвою присвоят литер PQ-0, а проследовавшему в обратном направлении — QP-0. Этот код произошел от инициалов офицера оперативного управления британского адмиралтейства, ведавшего проводкой конвоев в СССР, которого звали P. Q. Edwards.
Общее руководство обслуживанием иностранных судов было возложено тогда на заместителя начальника торгового порта Г. И. Дикого. После разгрузки судов сразу началась сборка самолетов на аэродроме Кегостров напротив Архангельска. Трудности были большие: из-за отсутствия сложного сборочного инструмента его пришлось в срочном порядке изготовлять на архангельских заводах.
В ходе разгрузки первого каравана союзников выяснились недостаточные возможности архангельского порта. Государственный Комитет Обороны в решении от 7 сентября 1941 года наметил широкую программу строительных работ в порту. Из Ленинградского, Владивостокского, Мурманского, Печорского и других портов Архангельску было передано около 30 различных кранов, сотни автомобилей и много другой строительной и разгрузочной техники. Для нужд порта выделялись рельсы, лес и другие строительные материалы. Только в портах Бакарица и Экономия началось строительство восьми причалов, закрытых складов площадью пять тысяч квадратных метров и подъездных путей к этим сооружениям.
Начальник Архангельского порта Я. Л. Бейлинсон получил в свое распоряжение три военизированные рабочие колонны, насчитывавшие три тысячи грузчиков. Был полностью реконструирован погрузочный район в Молотовске (Северодвинске). «Аванучасток» Экономия превратился в новый порт с большим количеством причалов и складов, с соответствующими океанским пароходам глубинами.