В феврале 1938 года на Тихоокеанском флоте началась новая волна арестов командного состава, причем местные органы НКВД даже не ставили в известность командующего. Н. Г. Кузнецов не стал мириться с этим произволом и послал в ЦК ВКП(б) телеграмму, в которой высказал свое возмущение. Через несколько дней в его кабинете появился начальник краевого НКВД Диметман. «Имейте в виду, — сказал он в тоне сердитого внушения, — не всегда надо кого-то извещать, если арестовывают врага народа». Кузнецов ответил, что обращался не к нему, а в Центральный Комитет партии, а это не только его право, но и обязанность. Диметман ушел весьма раздраженный, но аресты с этого дня прекратились. Несколько недель было тихо.
Однако вскоре Диметман вновь напомнил о себе. В мае 1938 года на Дальний Восток прибыл нарком Военно-морского флота П. А. Смирнов. Об этом визите Н. Г. Кузнецов в своих мемуарах с болью в сердце написал: «Приезд Смирнова разочаровал всех: он считал своей главной задачей „очистить флот от врагов народа“». По результатам этого «визита» было арестовано много опытных морских офицеров. Н. Г. Кузнецов выступил в защиту командира бригады подводных лодок капитана 1-го ранга К. М. Кузнецова, которого хорошо знал еще по службе на Черном море. Начальник НКВД через несколько дней принес еше два показания на «врага народа», а затем появился документ, написанный рукой однофамильца флотоводца: «Не считаю нужным сопротивляться, признаюсь, что являюсь врагом народа». После чего П. А. Смирнов заявил командующему Тихоокеанским флотом: «Вы еще недостаточно политически зрелы».
В конце июля 1938 года начались бои у сопок Заозерная и Безымянная. Крупные силы японцев потеснили советские войска. Противник намеревался создать плацдарм в районе залива Посьета для дальнейшего наступления на Владивосток. На место военного противостояния немедленно решили выехать командующий Отдельной Дальневосточной армией маршал В. К. Блюхер и его заместитель комкор Г. М. Штерн. 1 августа вместе с командующим Тихоокеанским флотом Н. Г. Кузнецовым они на боевом эсминце отправились к месту боев.
В боевой обстановке ярко проявились флотоводческие качества командующего Тихоокеанским флотом флагмана 2-го ранга Н. Г. Кузнецова. Он действовал твердо, решительно и инициативно.
Особенно упорные сражения развернулись в районе озера Хасан. Блюхер поручил Кузнецову ускорить переброску морем частей и военных грузов в район завязавшейся битвы. Вот как описал эти события позднее, в 1946 году, вице-адмирал С. Г. Горшков: «В один из этапов боев за Хасан прошли сильные дожди, они затопили все дороги, по которым подвозилось снаряжение частям Красной Армии… По инициативе Николая Герасимовича Кузнецова были моментально мобилизованы сотни кунгасов (рыболовецкие суда. —
11 августа боевые действия в районе озера Хасан были полностью прекращены. Участникам сражения, в том числе и флагману 2-го ранга Н. Г. Кузнецову, были вручены нагрудные знаки участников хасанских боев 1938 года, а позднее, в соответствии с постановлением Президиума Верховного Совета СССР, командующий Тихоокеанским флотом был награжден медалью «Участник Хасанских боев 1938 г.».
Япония попыталась проверить прочность советских границ и Красной армии на Халхин-Голе, решив повременить с «большой» войной против СССР. Японские милитаристы ожидали падения Советского Союза на Западе, в сражениях с фашистской Германией, а затем малой кровью завоевать русский Восток. Но их замыслам не суждено было сбыться. 6-я армия Японии под командованием генерала О. Ринно была разгромлена под Халхин-Голом. 13 апреля 1941 года в Москве был подписан пакт с Японией о нейтралитете, что позволило нашей стране избежать войны на два фронта.