В декабре 1939 года по приказу наркома ВМФ и совместно с Главспецгидростроем был произведен выбор мест расположения военно-морских баз. В эти места были оперативно доставлены строительные материалы, и началось строительство. А. Н. Комаровский в «Записках строителя», изданных в 1972 году, писал: «У нас установились самые деловые и вместе с тем дружеские отношения с наркомом ВМФ адмиралом Николаем Герасимовичем Кузнецовым и адмиралом Львом Михайловичем Галлером. Во время войны созданные военно-морские базы (ВМБ) сыграли огромную роль — задержали врага, и ни одна база не сдалась врагу. Развернутые в большом масштабе строительные работы на флотах, к сожалению, не были завершены в связи с началом войны».
Адмирал Н. Г. Кузнецов всегда самокритично оценивал свою деятельность на посту наркома ВМФ. В своих мемуарах он писал о недоработках и досадных промахах, которые были допущены в предвоенные годы. С первых дней войны обнаружились слабость нашей защитной артиллерии, недооценка использования противником минного оружия, недостаточная защищенность баз флота с суши.
Особое внимание нарком ВМФ уделял реорганизации, укреплению и совершенствованию работы наркомата. 25 июля 1939 года СНК СССР утвердил предложения Н. Г. Кузнецова по реорганизации структуры морского ведомства. «Организация — ключ к победе» — так формулировал Николай Герасимович свое кредо. Главной целью наркомата стало создание коллектива ответственных, профессиональных и компетентных морских офицеров и служащих, вдохновленных общностью стоящих перед ними задач. «Объединяет коллектив не здание, в котором он работает, — считал Кузнецов, — главное, без чего он нe может существовать, — единство цели, стремление каждого внести свой вклад».
В мае 1939 года состоялись большие учения Черноморского флота под флагом наркома ВМФ. Перед командным составом флота ставились задачи — добиться высокой организации, дисциплины, отличной морской выучки, «знать в совершенстве вверенную технику и уметь ее использовать».
С 1940 года адмирал Н. Г. Кузнецов приказал проводить общефлотские учения не сезонно, а круглогодично, без деления на периоды и в любой обстановке, а боевое обучение в наступившем году начинать, исходя из уровня, достигнутого в истекшем. К примеру, общефлотские маневры Черноморского флота в 1941 году были проведены в июне и закончились за несколько дней до начала Великой Отечественной войны.
Еще в апреле 1941 года под руководством наркома Кузнецова было разработано Положение о тыле флота, в котором признавалось, что «тылом флота является совокупность органов, осуществляющих материально-техническое обеспечение боевой деятельности кораблей, военно-воздушных сил, береговой обороны и сухопутных частей флота».
Наркомат ВМФ занимал положение самостоятельной структуры в государстве. Больше того, только в СССР, в отличие от других государств мира, существовало отраслевое управление водным пространством страны. В тридцатых годах были созданы наркоматы морского, водного (речного) транспорта, рыбного хозяйства, мощные главки — Главсевморпуть, Гидрография и метеорология, ЭПРОН и другие структуры. Наркоматы морского и речного транспорта, Главсевморпуть осуществляли успешно межтеатровый маневр, и северный завоз снабжали всем необходимым полярные станции и арктические порты.
В России нарком военно-морского флота курировал наркоматы речного и рыбного флотов, судостроения, морского транспорта, так как все они являлись его стратегическими резервами. В годы Великой Отечественной войны многие речные пароходства со всеми службами переходили в оперативное подчинение командованию военно-морских флотов и флотилий. В гражданских морских учебных заведениях была организована военная подготовка студентов и учащихся, все они проходили обязательную службу в Военно-морском флоте. А во время войны командиры судов морского, тралового флота, Главсевморпути получили воинские морские звания от лейтенанта до контр-адмирала со всеми вытекающими последствиями. Таким образом, зоной интереса и ответственности наркома становился весь бассейн морей, рек и озер со всем промышленным и научным потенциалом, причалами, складами, судоремонтом, словом, всеми ресурсами прилегающих областей и краев. Кузнецов был одним из немногих руководителей в государстве, который ежедневно вмешивался в боевую и хозяйственную жизнь городов по морскому периметру державы, но и во все ресурсы вдоль великих рек и озер страны. Это обстоятельство, конечно, налагало на наркома ВМФ гигантскую ответственность за свои действия и поступки.
Н. Г. Кузнецов по натуре был новатором. На протяжении всей своей кипучей деятельности он старался внедрять в Военно-морской флот все новое и современное. В 1939 году вышло два его приказа по флоту: «Об освоении и использовании новой техники» и «Об освоении новой техники и мерах борьбы с аварийностью на кораблях РК ВМФ». Умел смотреть в будущее «архангельский» адмирал.