Размагничивание на флотах проводилось в соответствии с совместным приказом наркомов ВМФ и судостроения от 29 июня, который был подготовлен под руководством Л. М. Галлера. Приказ предусматривал создание групп по размагничиванию кораблей на Балтике, Черном море и Севере. В Севастополе работа группы началась 1 июля, в Архангельске на надводных кораблях — с 9 июля, с 25 сентября — на подводных лодках в Полярном. В Севастополе не только оборудовали РУ надводные корабли и размагничивали подводные лодки, но и создали под руководством А. П. Александрова особый полигон. Ни один корабль не выходил в море без проверки магнитного поля, эффективности его РУ. Можно сказать, что попытка врага заблокировать наши корабли в базах, используя акустические и магнитные мины, не удалась. В сентябре 1941 года основная работа по организации размагничивания была проведена и далее лишь совершенствовалась.
В эти же дни Л. М. Галлер контролировал, как идет дело с подготовкой к строительству боевых катеров на заводах Наркомата речного флота, проталкивал эшелоны с двумя тысячами мин к Ленинграду, готовил наркому материалы для беседы с контр-адмиралом Дж. Майлсом, главой прибывшей в Москву британской военной миссии. У нового союзника, полагал Галлер, нужно просить помощь поставками аппаратуры для измерений магнитных полей кораблей, электромагнитных тралов, гидролокаторов.
Словом, трудно нарисовать хотя бы приблизительную картину всего того, что делал в первые недели войны замнаркома по кораблестроению и вооружению. Тем более что 24 июня в Ленинград, а затем в Таллинн спешно выехал начальник ГМШ И. С. Исаков. В Москву он вернулся лишь через четыре месяца, 25 октября. Вначале Исаков был представителем наркома на КБФ, а в начале сентября Ставка назначила его заместителем главкома Северо-Западного направления по морской части. За начальника Главного морского штаба все это время оставался его заместитель В. А. Алафузов, но он нуждался в помощи — особенно во взаимоотношениях с Генштабом. Нужно было также принимать решения по кругу вопросов, которыми ведал Исаков как первый замнаркома. Конечно, все это легло на Галлера. И в отсутствие в Москве наркома — Кузнецов выезжал в Ленинград, на Север под приказами, телеграммами появлялась подпись Льва Михайловича: «за наркома, Галлер».
Только исключительная работоспособность Галлера, о которой вспоминает Н. Г, Кузнецов[252], поразительная память и не менее поразительная эрудиция позволяли ему справляться с все растущим объемом работы. Надо сказать, что Галлер в те дни работал в условиях быстроменяющейся, зачастую непредсказуемой обстановки. Два главных тогда центра военного кораблестроения — Ленинград и Николаев очень скоро свернули работу на своих заводах. Николаев захватили гитлеровцы, с трудом удалось отбуксировать в порты Кавказа корпуса недостроенных кораблей. Корабли, находившиеся на стапелях, пришлось взорвать. А Ленинград оказался в блокаде. Но прежде чем прервались связи города со страной, Галлер, обеспечивая выполнение постановления ГКО, организовал переброску из Ленинграда на Север по Беломорско-Балтийскому каналу 8 подводных лодок — 6 больших типа «К» и «Л» и 2 средних типа «С». Этим был существенно — более чем в полтора раза увеличен состав подводных сил Северного флота, так как к началу войны здесь находились лишь 15 подводных лодок. К концу 1941 года на Волге были сосредоточены 34 недостроенные подводные лодки. Их вводили в строй на тыловых судостроительных заводах. На Каспийское море перешли для проведения приемо-сдаточных испытаний 4 лодки типа «С» и одна типа «М». Лодки-«малютки» в дальнейшем доставляли на флоты по железной дороге, средние лодки переводили на Северный флот в доках но водным системам. Часть оставшихся в Ленинграде недостроенных подводных кораблей удалось ввести в строй к концу 1941 года, другие — к началу кампании 1943 и 1944 годов[253].
Целеустремленная организационная работа замнаркома Л. М. Галлера и Управления кораблестроения ВМФ позволила обеспечить вступление в строй до начала 1942 года 25 подводных лодок[254].