Царь даже дал ему денег, чтобы тот пристроил к своему дому специальный зал, роскошно оформленный и способный вместить до 1,5 тыс. человек. В доме Лефорта проводились не только царские застолья и балы, но и неофициальные совещания, деловые встречи. Историки называли дом
Лефорта «небольшим дворцом» царя, где Пётр чувствовал себя свободным от всяких условностей. С помощью Лефорта Пётр I начал самостоятельную внешнеполитическую деятельность. В 1692–1693 годах царь вступил в официальную переписку с властями Женевы, благодарившими Петра за «благоволение», оказываемое их соотечественнику.
При Петре Лефорт получил командование первым отборным полком и был произведён в генерал-майоры, а позднее в полные генералы. После назначения Лефорт обратился к царю с просьбой выделить для его полка плац и средства на создание слободы. Этот район по сей день известен в Москве как Лефортово.