Эта остановка была особенно приятна для С. А. Пустошкина, потому что посланник скоро полюбил молодого моряка и доставил ему удовольствие быть везде и видеть все, что заслуживало внимания в столице Дании; при его содействии, С А. Пустошкин нередко был приглашаем даже на придворные балы. Весною 1781 года, “Кола” отправилась в Берген для доставления зимовавшему там кораблю новых мачт, сделанных в Копенгагенской адмиралтействе. 3-го мая, она, вместе с обмачтованным кораблем, отправилась в Россию и 1-го июня пришла в Кронштадт. Здесь Тимашеву поручен был фрегат “Григорий”, назначенный для отправления в Кадис пеньки, парусины и железа для тамошнего адмиралтейства; по просьбе Тимашева, на этот же фрегат переведен был и С. А. Пустошкин. Сентября 12-го фрегат снялся с якоря и 25-го числа приблизился к острову Готланду. Здесь, по причине крепкого ветра, в подводной части носа открылась столь сильная течь, что едва успевали отливаться помпами; судно накренилось; бывшая в нем пенька подмокла и подверглась опасности загореться. Это обстоятельство заставило Тимашева втянуть свой фрегат в Копенгагенскую гавань и, по выгрузке тяжестей, килевать его. Не ранее 17-го марта следующего 1782 года окончилось приготовление к дальнейшему плаванию, и только 10-го мая фрегат достиг Кадикса. Доставив свой груз по назначению и снова нагрузившись солью, фрегат “Григорий” сентября 2-го снялся с якоря для возвращения в Россию; в Балтийском море встретили его восточные ветры, с морозом и снегом; однако ж, 10-го ноября он вошел благополучно в Ревельскую гавань. Через десять дней С. А. Пустошкин получил, по экзамену, чин лейтенанта и тогда же откомандирован в Кронштадт.
Весною 1783 года С. А. Пустошкин был назначен для доставления в Херсон команды из 200 человек матросов для тамошних галер. Но перед отправлением своим в южный край России, он в апреле месяце взял отпуск, чтобы еще раз увидеться с престарелыми родителями, жившими безвыездно в своем Чернецове; отец его тогда уже лишился зрении и, обессиленный недугами и старостью, лежал в постели. Пребывание Семена Афанасьевича на родине было непродолжительно; тем не менее, он никогда не мог забыть его: при отъезде отсюда он в последний раз получил благословение родителей на верную службу, на радость и счастье в жизни. Узнав о назначении своего сына в Херсон, старик отец, благословив его при последнем прощании, велел старшему сыну подать хрустальный стакан, на котором изображены: жертвенник, два голубя с лавровыми ветками и надпись “непременно”. Подавав этот стакан любимому сыну, растроганный старец сказал ему: “друг мой, Сеня! Даю тебе этот скудельный сосуд, который возвращен нам из Херсона, куда ты отправляешься ныне; там он был в руках дяди твоего Дмитрия Федоровича (Д.Ф.Пустошкин, родной дядя Семёна Афанасьевича, был убит под Очаковом, при взятии. той крепости Минихом, в июне 1737года). Этот стакан – скудельный сосуд и принесен сюда в целости; молю Создателя, чтобы Он так же благополучно возвратил к нам и тебя. Служи верно и честно нашей великой Государыне и Отечеству. За Богом молитва, а за Царем служба никогда не пропадают”. Добрые желания и надежды старца исполнились; но сам он уже не дождался этой радости: вскоре по отправлении сына он скончался. Летом того же года вверенная С. А. Пустошниму команда приведена им в Херсон в совершенной исправности, за что ему и объявлена благодарность от вицеадмирала Клокачева, командовавшего Азовским флотом. В это время свирепствовавшая в Новороссийском крае чума, несмотря на все меры, принятия правительством, вторглась и в Херсон; в числе жертв ее был и Клокачев. На место его назначен вице-адмирал Сухотин. Его распоряжениями действие губительной заразы прекращено. Одним из самых деятельных помощников Сухотина в этом деле был С. А. Пустошкин, заслуживший за то особенную похвалу и благодарность вице-адмирала, объявленную в приказе его. – В апреле 1784 года, он определен на 66-пушечный корабль “Слава Екатерины”, первый наш построенный на верфи города Херсона. Командиром корабля был капитан 1-го ранга граф Воинович. С ним С. А. Пустошкин совершил первую кампанию на водах Черного мора, от Херсона до Севастополя, куда они прибыли 19-го сентября; а с 26-го октября до мая 1786 года, будучи сам командиром на пинке № 2, находился, по разным экспедициям, то в Херсоне, то в Севастополе, совершив в 1785-м году (с 2-го сентября по 22-е декабря) кампанию от Севастополя до Глубокой пристани.
Разведывательный поход Пустошкина
Наконец, в мае 1786 года, С. А. Пустошкин назначен командиром небольшого военного фрегата “Пчела” и получил приказание отправиться под купеческим флагом в разные порты Средиземного моря, для перевозки товаров Елисаветградского купца Масленникова: фрегат нагружен был пшеницей и парусиной.