ПЛ под командованием Л. вела неограниченную подводную войну на коммуникациях и у берегов пр-ка, высадку разведгруппы на занятое им побережье Норвегии, действовала на мор. сообщениях в поисках конвоев и кораблей пр-ка. ПЛ «Щ-421» совершила 5 боевых походов, произвела 7 торпедных атак. К февр. 1942 числилось 7 потопленных ТР пр-ка. За проявленные героизм и отвагу в борьбе с нем.-фаш. захватчиками к-ну 3 ранга Л. было присвоено звание Героя Сов. Союза, а ПЛ «Щ-421» — награждена орд. Красного Знамени. Ком-p ПЛ «К-21» (2.1942-11.1943) 1-го ДПЛ. 1114 марта 1942 вышел на поиск терпящей бедствие ПЛ «Щ-402», обнаружив ее, оказал помощь, передав топливо и масло; в июле того же года экипаж ПЛ участвовал в операции по прикрытию союзных конвоев «PQ—17» и «QP-13». 5 июля, находясь на боевой позиции в р-не о-ва Инге, Л. получил шифровку о выходе в море эскадры германского флота в составе ЛК «Тирпиц», тяж. КР «Адмирал Шеер» и 8 ЭМ, с приказанием об ее перехвате и атаке. Обнаружив эти корабли, ПЛ «К-21» прорвалась сквозь охранение ЛК «Тирпиц» и с дистанции 17— 18 кб. четырехторпедным залпом из кормовых аппаратов атаковала корабль. Личный состав ПЛ слышал продолжительные взрывы торпед. Об атаке Л. донес по радио, донесение было перехвачено и расшифровано, германское командование вернуло свою эскадру в базу. Гибель ЛК была бы неприемлемой потерей. И. Колышкин вспоминал: «Лунин-ская атака вынудила “Тирпиц”, а также “Адмирал Шеер”, сопровождающие его экипажи, отказаться от удара по конвою».
Как командир ПЛ «Щ-421» и «К-21» выполнил 12 боевых походов, общей продолжительностью 181 сутки в море, в ходе которых совершено 13 торпедных атак, выполнено 4 минные постановки. Достоверно установлено, что уничтожению 2 судна, одно потоплено арт. огнем. Ком-p 1-го ДПЛ (11.1943-3.1944).
Из наградных листов (1944): «Командуя подводной лодкой “К-21”, тов. Лунин в боевых походах проявил дерзость, смелость и настойчивость в сочетании с отличным знанием Северного морского театра... Вступив в декабре 1943 года в командование 1-м дивизионом ПЛ, тов. Лунин со свойственной ему настойчивостью и энергией совершенствовал знания, приемы и тактику подводной войны... За непродолжительное время командования дивизионом последним проведено три активные минные постановки на коммуникациях противника.
За успешные и дерзкие действия на коммуникациях противника, приведшие к уничтожению его ценных кораблей и транспортов при сильном конвоировании и численном превосходстве противника в бою, достоин награждения высокой правительственной наградой орденом Ушакова II степени».
Откомандирован на учебу в ВМА им. К. Е. Ворошилова (3-10.1944).
Нач-к штаба (11.1946-1.1947), ком-р (6.1947-4.1948) УБП, ком-p УДПЛ (16.1947; 4.1948-6.1949), 2-й БПЛ
(6.1949-5.1950) 8-го ВМФ. Освобожден от занимаемой должности и назначен в распоряжении УК ВМС (5-6.1950). Уполномоченный по подводным кораблям группы Постоянной комиссии госприемки воен. кораблей в Ленинграде (6.1950-ЮЛ 951), Балтийской группы Упр. госприемки кораблей (10.1951-5.1956). Ком-р 22-й отдельн. БПЛ СФ в б. Ягельной в Сайде-Губе (5.1956-1.1957).
Из аттестации (1957): «За период службы в должности командира бригады к исполнению служебных обязанностей относился добросовестно. Несмотря на ряд трудностей, успешно справился с формированием соединения, с приемкой и переводом новых подводных лодок из Беломорска в Кольский залив. Проявил большую энергию в организации базирования кораблей бригады на плавучих средствах в Сайде-Губе и наведению порядка на прибывших подводных лодках и вспомогательных судах. Несмотря на отсутствие начальника штаба и многих офицеров штаба (до конца ноября) сумел наладить боевую подготовку, и в декабре месяце четыре подводные лодки успешно начали боевую подготовку в море ».
Нач-к 11-го отдела ВМФ (1.1957— 4.195 8), после его расформирования, 7-го Упр. — зам. нач-ка Ин-та № 1 ВМФ (4.1958-3.1961), 9-го упр. того же Ин-та (3-7.1961). Нач-к Центр, научно-исслед. лаборатории Аварийно-спасательного дела (7-9.1961), 228-й лаборатории (9.1961-1.1962) МО. В распоряжении ГК ВМФ (1-4.1962).
С апр. 1962 в отставке по болезни.
Депутат Верховного Совета СССР 2-го созыва.
Награжден 2 орд. Ленина (1941, 1942), 3 орд. Красного Знамени (1942 — 2, 1955), орд. Ушакова II ст. (1944), Отечественной войны I ст. (1943), Красной Звезды (1951), медалями, именным оружием (1957), англ. орд. Британской империи 4-й ст. (1944).
Похоронен на Богословском кладбище. В Самаре в честь Л. открыта мемориальная с гранитным барельефом доска на стене дома, где в 1944-1946 гг. проживала его семья. В 1983 Североморске установлена на вечную стоянку ПЛ «К-21», ставшая кораблем-мемориалом, филиалом Музея СФ. Мемориальные доски установлены на зданиях Ростовского мореходного уч-ща и в г. Полярном. Именем Л. названы улицы в городах Ростове-на-Дону, Полярном, Одессе, учебное судно.