После боя алжирская эскадра пришла к островам Зея и Андрос, где соединилась с турецкой эскадрой, не участвовавшей в сражении. Однако 380 албанцев-клефтов, оставленных там Качиони для охраны острова Зея, были ночью эвакуированы на другие острова. Турки по своему обыкновению устроили расправу над мирными жителями обоих островов.
Качиони с тремя уцелевшими кирлангичами и одной полакрой, не участвовавшей в сражении, укрылся на острове Цериго.
26 октября 1790 г. состоялся торжественный вход алжирской эскадры в Константинополь. Султан приказал палить из пушек.
Свидетелем расправы над греческими моряками стал капитан 1-го ранга Вениамин Тиздель, сдавший туркам корабль «Мария Магдалина» в 1787 г. Турки специально вывели его из тюрьмы, чтобы показать экзекуцию. 5 декабря 1790 г. Тиздель писал из тюрьмы Потемкину: «После происшедшего сражения в Архипелаге между турко-барбаресцами с нашими крейсерами майора Ламбро Кацонием. Первая будучи в несравненном количестве судов против второго; имели шастие захватить 111 человек в полон, в том числе Лейб-Гренадерского полку капитана Егора Палатино, посланного от господина контр-адмирала Гибса с повеление к оному господину майору Качиони и 4-е маленьких судна.
Барбересы возвратившись в сию столицу праздновали оную победу целых 5 дней беспрерывною пушечную пальбою и в пятый день отрубили шестерым человекам головы в присутствии самого султана, повеся при том по всем судам на рейнах двадцать человек, имея перед ними повешанной Всероссийской державы флаг и с таким позорищем входили они в Адмиралтейство.
Не довольствуясь и сим, на другой день взяли из тех же новоприведенных из сей тюрьмы двадцать человек и отрубили им головы, по всем воротам Константинопольской Крепости.
В числе тех 46 человек казненных были многие офицеры и некий капитан Герасим Калига, который еще сей чин заслужил в прошлой войне, а прочие при настоящей…»
Несмотря на разгром флотилии Качиони, турки к концу кампании 1790 г. продолжали держать в Архипелаге значительные силы – 60-пушечный корабль, 56-пушечный корабль, 11 малых фрегатов, вооруженных от 20 до 32 пушками, 4 канонерские лодки и 6 кирлангичей.
Потемкин писал Екатерине: «Порта, встревоженная его предприимчивостью и мужеством, старалась уловить его разными обещаниями, которые он отверг с презрением. В самой неудаче высказывает он неустрашимую смелость. Он потерпел в этом сражении с турками, но сам почти со всеми спасся и, оправясь, пойдет опять. Он один только дерется». Далее Потемкин ходатайствовал перед императрицей о награждении Ламброса Качиони за его боевые заслуги в должности командующего легкой российской флотилией перед Российской империей: «Всемилостивейшее пожалование в полковники умножает ревность его, а если еще Вашему Величеству благоугодно будет позволить мне отправить к нему знаки военного ордена 4-й степени, то сие, разнесшись повсюду, много произведет действия в народе греческом к пользе высочайшей Вашего Императорского Величества службы».
29 июля 1790 г. Ламброс Качиони за военные заслуги и личную храбрость был произведен в полковники. В Указе Екатерины II говорилось, что очередной чин дается ему «в награждение усердной службы, отличной его храбрости и мужества, неоднократно оказанных в сражениях с турецким морским вооружением».
В соответствии с Высочайшим указом от 12 сентября 1790 г. полковник Ламброс Качиони «в награждение его храбрости и подвигов и в ободрение его к дальнейшим действиям против неприятеля» становится кавалером российского ордена Святого Георгия 4-й степени.
После гибели флотилии Ламброс попытался создать новую. Ему удалось захватить две вооруженные шебеки, принадлежавшие грекам с острова Идра. Но по приказанию генерал-майора Псаро Качиони был вынужден вернуть захваченные призы идриотам. Все же Ламбросу удается собрать отряд из нескольких малых судов, базировавшихся на острове Итака. Конфликт Ламброса с руководством «казенной» флотилии продолжался.
В конце концов взбешенный Потемкин решил «сменить коней на переправе». В ордере от 24 декабря 1790 г. он вызвал в Петербург для отчета контр-адмирала Гибса.
В конце 1790 г. Качиони, передав управление оставшимися судами флотилии своему заместителю Николаю Касими, прибыл в Вену, чтобы встретиться там с главнокомандующим Г. А. Потемкиным-Таврическим. Для выяснения, где находится главнокомандующий, Качиони направил в Яссы несколько офицеров с письмом к генерал-фельдмаршалу, а сам с оставшимися тринадцатью офицерами остался в Вене ждать сообщений. Ждать пришлось долго, поскольку Потемкин в это время находился в Петербурге.
Суда флотилии Качиони и «казенной» флотилии генерал-майора Псаро в это время ремонтировались в бухтах Ионических островов, в основном у острова Занте, готовясь к кампании 1791 г. По приказу Ламброса в начале 1791 г. его флотилия в составе пяти судов под командованием Николая Касими убыла в Архипелаг, а затем пошла к южным берегам Македонии, чтобы захватить там суда с хлебом, идущие в Константинополь.