Как писал П. В. Чичагов, в 1796 г. у императрицы опухли ноги, а затем появилась какая-то сыпь. В конце концов сыпь ей надоела, и она обратилась к лейб-медику Роджерсону с просьбой избавить ее от сыпи. Он отказался, «потому что знал сидячий образ жизни императрицы, полагал, что этот исход, явленный самой природой, будет благоприятствовать ее здоровью». Как-то раз вечером, во время беседы в Петергофе во дворце Марли, на которой присутствовал Качиони, когда зашла речь о здоровье, а потом о болезнях ног, Ламбро рассказал, что вылечил сыпь, употребляя соленую воду. Тогда Екатерина, тайком от своего медика, велела привезти воды из Северного моря и стала делать из нее ножные ванны. Они произвели желаемое действие, но позже, по мнению доктора Роджерсона, «ванны вероятно вызвали апоплексический удар».
Вряд ли соленые ванны оказали серьезное воздействие на сердечно-сосудистую систему Екатерины, зато воспоминания Чичагова свидетельствуют о близости Качиони к императрице в последний год ее жизни. И дело, разумеется, не в личных симпатиях – Екатерине корсар нужен был для реализации своих планов в отношении Турции.
Адмирал Шишков в своих записках утверждает, что, получив известие о смерти императрицы, Качиони стал больше похож на восковую куклу, нежели на живого человека. О чем думал старый пират в этот момент? О славном царствовании Екатерины, с которым неразрывно переплелась его судьба? Или о крахе надежд на освобождение Греции?
20 декабря 1796 г. Павел I подписывает указ, согласно которому Качиони предписывалось отправиться на Черноморский гребной флот «в команду контр-адмирала Пустошкина в Одессу».
31 декабря того же года Указом Павла I Ламбросу Качиони было подтверждено его воинское звание полковника и старшинство в данном чине с 29 июля 1790 г., а также выдан соответствующий патент на чин полковника, при правлении Екатерины II ему так и не врученный. Обращают на себя внимание многозначительные слова Указа, несомненно напоминающие «об ошибках» Качиони. «Мы надеемся, – подчеркивает Павел I, – что он в сем Всемилостивейше пожалованном чине так верно и прилежно поступать будет, как то верному и доброму офицеру надлежит».
Но Качиони явно не хотел ехать в Одессу и служить в гребной флотилии. Замечу, что в мирное время практически все гребные суда на Балтике и Черном море стояли вытащенными на берег, а само направление в гребную флотилию среди флотских офицеров в мирное время считалось ссылкой.
И 20 февраля 1797 г. полковник Ламброс Качиони обратился к Павлу I с прошением: «Уволить с абшитом в Архипелаг, Отечество его ради поправления таковых нужных дел», а именно для оказания необходимой помощи и поддержки родственников, ибо «заимодавцы, оставшиеся без удовлетворения, непременно будут нападать на имения родственников его и разорять их до крайности». При этом в своем прошении Качиони особо подчеркнул: «…буде впредь необходимость… то по единоверию и усердию к престолу Его Императорского Величества служить готов будет, и по подписанной при том справке».
Поначалу упрямый Павел настаивал на отправке Качиони в гребную флотилию, но потом унялся и Высочайше разрешил остаться в Петербурге до полного завершения деятельности Комиссии по делам его флотилии.
В 1798 г. комиссия закончила свою работу. По ее итогам Ламбросу Качиони была выплачена солидная сумма в качестве компенсации за истраченные в ходе боевых действий его личные деньги.
В связи с отправкой в 1798 г. эскадры Ушакова в Адриатическое море для войны с Францией Качиони обратился к Павлу I с просьбой разрешить ему на свои средства вооружить судно «для разъезда противу французов» в Средиземном море. Император с интересом и весьма благосклонно оценил предложение Качиони, и 24 октября 1789 г. последовало Высочайшее повеление «вооружение сие ему дозволить». Но пока суд да дело, война с Францией кончилась, и Качиони больше не удалось выйти в море на корсарском судне.
В Петербурге при Павле Качиони делать было нечего, и он отправился в Крым, в подаренные ему еще Екатериной II поместья. Проживая в Крыму, Качиони купил недалеко от Ялты местечко Панас-Чаир, что в переводе с греческого означает «священный луг». Там Ламброс начинает строительство своей усадьбы, которую переименовывает в Ливадию, по имени своего родного городка Ливадия, находящегося в 120 км от Афин, недалеко от горы Парнас и Дельфийского храма.
В Крыму бывший корсар становится крупным промышленником. Его крымская соль, пшеница, ценные породы рыб и другие товары отправляются на юг и на север, от Греции до Петербурга. В 1799 г. Качиони строит завод по производству виноградной водки, принесший ему большие барыши и многочисленные тяжбы с конкурентами.