Русско-турецкая война 1787–1791 годов разгорелась из-за попытки Турции вернуть потерянные в Причерноморье земли, в первую очередь Крым, и по-прежнему сделать Черное море своим «озером». Однако в боях 1788 года под Очаковом Лиманская флотилия контр-адмирала К.-Г. Нассау-Зигена нанесла поражение превосходящим силам турок, а корабельная эскадра, благодаря действиям командовавшего авангардом Ф. Ф. Ушакова, разбила их при острове Фидониси. В декабре Очаков пал; в его взятии участвовал О. М. де Рибас, который в следующем году прославился взятием Гаджибея, а в 1790 году успешно командовал флотилией на Дунае при взятии ряда крепостей, в том числе Измаила. Летом 1789 года буря рассеяла русские корабли и нанесла им урон, но в 1790 году Ф. Ф. Ушаков нанес поражение турецкому флоту при Керченском проливе и Тендре, в 1791 году — у мыса Калиакрия. Совпавшая с поражением войск султана на суше, последняя морская победа заставила Турцию согласиться на выгодный для России мир.
Параллельно шла война и на Балтийском море. Король Швеции Густав III, воспользовавшись тем, что главные силы русской армии ушли на юг, начал войну на море и суше летом 1788 года, чтобы вернуть земли, потерянные в предыдущих войнах с Россией. Однако наступление из пределов Финляндии на Санкт-Петербург не удалось, а шведский флот потерпел поражение в сражении при Гогланде против русской эскадры адмирала С. К. Грейга и был блокирован до зимы в Свеаборге. В 1789 году русская эскадра В. Я. Чичагова после Эландского сражения заставила шведский флот укрыться до конца кампании в Карлскроне, а гребной флот К.-Г. Нассау-Зигена нанес поражение шведскому армейскому (гребному) флоту при Роченсальме. В 1790 году эскадра В. Я. Чичагова отбила атаку превосходящего противника на рейд Ревеля (Таллина), затем А. И. Круз с кронштадтской эскадрой отразил попытку шведов приблизиться к Кронштадту. Соединенные русские силы под флагом Чичагова на месяц заблокировали неприятельские корабельный и гребной флоты в Выборгском заливе, при этом особенно отличился И. А. Повалишин. Корабли вырвались из плена с большими потерями. Не уничтожив шведский гребной флот при Выборге, Нассау-Зиген потерпел от него поражение во втором Роченсальмском сражении. Тем не менее война на севере завершилась успехом, что способствовало заключению мира с султаном.
Победы на севере и юге настолько упрочили положение России на морских театрах, что Екатерина II, пользуясь революцией во Франции, постоянном политическом противнике Российской империи, приняла участие в разделе Польши, чем укрепила западную границу. Так как развитие революционного движения начинало угрожать спокойствию Европы, Императрица оказала поддержку французским роялистам, но участие в антифранцузской коалиции ограничила действием эскадр у французских берегов совместно с английским флотом.
Анализируя эпоху Екатерины II, приходишь к выводу, что флот для Императрицы стал не менее (если не более) важным, чем армия, инструментом внешней политики. Господство на Черном, Балтийском и Средиземном морях, а временами и в отдельных пунктах Атлантического океана (окрестности Лисабона, мыс Норд-Кап) обеспечивало стране такие позиции в международных отношениях, которые могли служить основательным фундаментом российской дипломатии.
Павел I, вступив на престол, сохранил за собой чин генерал-адмирала и в качестве главнокомандующего флотом даже пытался руководить учениями в 1797 году. После этих учений в отставку ушли В. Я. Чичагов и И. А. Повалишин, оскорбленные тем, что им давал указания молодой любимец Императора Г. Г. Кушелев. Первоначально венценосный флагман, чтобы сократить расходы, отозвал из-за границы все русские эскадры. Однако политика буржуазной Французской республики заставила Императора активно поддержать антифранцузскую коалицию, направив войска в Европу, а эскадры — на Средиземное и Северное моря. Эскадра Ф. Ф. Ушакова в 1799 году овладела Ионическими островами, в том числе сильной крепостью Корфу, способствовала освобождению от французских войск государств, находившихся на территории современной Италии. На севере русские эскадры обеспечили перевозку десанта в Голландию (1799) и блокировали вместе с англичанами берега Франции. В этих плаваниях начинал свою морскую карьеру A. C. Грейг. Все прекратилось в 1800 году, когда Павел I, возмущенный вероломством союзников, отозвал армии и эскадры. Он готовился к войне на стороне Наполеона, но был убит заговорщиками.