Получив указ Павла I от 22 января об отправке контр-адмирала Пустошкина с эскадрой не менее четырех кораблей и соответствующим числом фрегатов к Сардинии, чтобы действовать с английским и неаполитанским флотами, адмирал 8 апреля рапортовал Императору о своих действиях. Сам он не мог выступить, пока продолжался ремонт кораблей, но по готовности намеревался идти к Бриндизи и Манфредонии, очистить места эти от неприятеля, а затем отправиться к Мессине и Неаполю для взаимодействия с Нельсоном. Он рассчитывал получить прибывшие из России войска и писал: «Его неапольское величество нетерпеливо ожидает меня с десантными войсками и спасение всей Италии надеется получить от войск российских».
Тем временем ситуация в Италии изменилась. A. B. Суворов, начав 10 апреля 1799 года наступление, разбил французов при Адде и занял 17 апреля Милан. К середине мая его войска овладели всей Ломбардией. Армия Макдональда была вынуждена из Неаполя направиться навстречу Суворову. В Центральной и Южной Италии оставались лишь несколько французских гарнизонов. Эти обстоятельства способствовали действиям сил Ушакова.
Высадившийся 4 мая в Бриндизи, занятом русскими еще в апреле, отряд капитан-лейтенанта Г. Г. Белле (550 человек) за четыре дня очистил от неприятеля побережье до Манфредонии и направился к Неаполю. 25 мая отряд соединился с отрядами кардинала Руффо; 2 июня соединенные силы подошли к Неаполю с юго-востока, тогда как с юга и севера подходили отряды из «армии веры», организованной кардиналом.
Попав под обстрел канонерок республиканцев, Белле развернул на берегу батареи, которые после перестрелки потопили две лодки и отогнали остальные. 3 июня русский авангард прорвался в предместья Неаполя. 8 июня почти весь город был освобожден от французов и республиканцев, через четыре дня после обстрела капитулировали крепости Капуя и Гаэта. Лишь замок Кастель-Эльмо с трехтысячным гарнизоном продержался до 29 июня, когда был занят союзными войсками.
Англичане, прибывшие только 12 июня, постарались стать хозяевами положения в Неаполе. Нельсон, отменив условия капитуляции, по которой была гарантирована жизнь сдавшимся, открыл путь для белого террора, стоившего жизни 40 тысячам республиканцев.
После разгрома Макдональда в сражении на Треббии 7–9 июня А. В. Суворовым французские гарнизоны оставались лишь на побережье генуэзской Ривьеры, в Чивита-Веккии, вблизи Ливорно и в Анконе. Последний пункт, занятый первоначально трехтысячным отрядом и постоянно подкрепляемый, занимал положение, из которого французские корабли могли действовать на путях снабжения австрийской армии и войск Суворова в Северной Италии.
Еще 1 мая посланный Ушаковым отряд контр-адмирала Пустошкина вышел с Корфу и 5 мая начал блокаду Анконы, прерывая ее только 14–26 мая для пополнения запасов воды. В отряде состояли русские два корабля и бриг, турецкие — корабль и два фрегата. 30 мая высаженный в порту Пезаро русский отряд майора Гамена (200 человек) с отрядами местных роялистов 1 июня взял крепость Фано, затем — Сенигаллию на подступах к Анконе. В последнем случае корабли успешно взаимодействовали с десантом. Ушаков писал в рапорте, что противнику пришлось рассеивать свое внимание между действиями с суши и моря. Но успешные действия пришлось прервать. 6 июня контр-адмирал получил новый ордер. Извещенный Нельсоном о вступлении франко-испанской эскадры в Средиземное море, Ушаков приказал Пустошкину возвращаться к Корфу.
Ожидая, что франко-испанский флот направится к Египту за французскими войсками, англичане основные силы сосредоточили в районе Минорки и на подступах к Александрии. Однако союзники 19 мая высадили крупные подкрепления армии Моро в Савойе, провели 25 мая конвой в Геную, после чего вернулись в Брест 2 июля.
Узнав о том, что опасность миновала, Ушаков отправил отряд капитана 2-го ранга Войновича из пяти русских, двух турецких фрегатов и двух малых судов с десантом к Анконе, чтобы овладеть этим портом. Адмирал считал, что «…Венецианский залив не будет спокоен, пока не взята будет Анкона».
Отряд Войновича выступил 6 июля, 12 июля высадил в Пезаро десант (430 матросов и солдат); после соединения с неаполитанскими войсками Лагоста были добавлены еще 300 человек. Объединенные силы окружили Фано и 20 июля заставили противника капитулировать. 22 июля союзники с моря и с суши открыли огонь по Сенигаллии; без сопротивления французы подняли белый флаг. После этого началась тесная блокада Анконы, по мощи немногим уступавшей Корфу.
Тем временем французские войска, потерпевшие поражение от австрийцев и войск A. B. Суворова, отошли на север и соединились в генуэзской Ривьере. В сражении при Нови 4–5 августа союзники под командованием Суворова нанесли поражение французам и завершили освобождение Северной Италии. Однако требовалось овладеть Генуей. Суворов обратился к морскому командованию союзников с просьбой обеспечить блокаду Генуи и безопасную доставку из Ливорно продовольствия войскам. Нельсон выделил корабль, фрегат и бриг; отряд этот особой активности не проявлял.