Подготовка все же не могла заменить практический боевой опыт и навыки, оттачиваемые в постоянных стычках. Обстрелянные и закаленные бойцы 40-й Армии, отслужив два года, уходили домой. Их сменяло молодое пополнение, вынужденное набираться собственного опыта, учась на своих ошибках и потерях. Моджахедам уходить было некуда и, помимо веры в правоту «джихада», на их стороне оставалась привычность к военному ремеслу. Вырастало уже целое поколение, не знавшее иного орудия труда, кроме автомата.
Вместе с тем, при обучении личного состава обнаружилось, что подтянуть всех солдат до требуемого уровня не удается отчасти из-за прозаического различия в способностях и физических возможностях ставших в строй, да и сложившаяся обстановка привела к тому, что значительная часть бойцов и офицеров несла службу в охранении, не участвуя в рейдах по горам и охоте за душманскими отрядами, где «сидячий» образ жизни, хотя и выдвигал свои требования, все же отличался меньшей придирчивостью. К середине 1986 года доля сил, выполнявших охранные функции в режимных зонах вокруг гарнизонов, аэродромов и дорог, достигала более 60 % и составляла 82 батальона против 51, привлекавшегося к активным боевым действиям.
Очаговый характер боев и тактика противника, использовавшего засады, кабели и скоротечные стычки, требовали столь же быстрой реакции и точного ответа. Суровая логика войны делала наиболее практичным упор на отдельные части и подразделения, укомплектованные отобранным личным составом, наиболее подготовленным и подходящим по собственным качествам, как физическим, так и моральным, особенно выдержке и выносливости. В армии к ним в первую очередь относились разведывательные батальоны дивизионного звена и разведроты в полках, по определению предназначенные именно для поисковых действий, выявления и уничтожения противника, личный состав которых проходил должный отбор и выучку, соответствовавшие специфике деятельности.