При определении форм и методов командирских занятий исходили из реальных сроков подготовки к различным видам боевых действий. Так, при подготовке к плановой операции командиры и штабы располагали, как правило, 5–10 сутками, к неплановой — 3–5 сутками. При подготовке к засадным действиям и сопровождению колонн им выделялось всего 2–3 суток. Исходя из крайне ограниченного времени, на занятиях главный упор делался на отработку вопросов управления боем. При этом преобладающими формами обучения были групповые упражнения и тактические летучки. Значительно реже проводились лекции, семинары, инструкторско-методические занятия. Основными методами обучения являлись: рассказ, объяснение, показ и упражнение (тренировки). Особое место отводилось практической работе. Такой подход к обучению командиров в ограниченные сроки позволял более эффективно осваивать им то новое и особенное, что было необходимо для проведения конкретных боевых действий.
В период, когда боевые действия не проводились, командирская подготовка осуществлялась на командных занятиях и сборах. Занятия проводились ежемесячно. На них главное внимание уделялось обобщению и внедрению текущего боевого опыта. Сборы проводились один раз в полгода. На них более глубоко изучались недостатки боевой практики, определялись и отрабатывались приемы их ликвидации.
Тематика проводимых занятий, как правило, ориентировалась на характер предстоящих боевых действий. Командиры всех степеней занимались на фоне единой тактической обстановки. Подготовка осуществлялась с учетом задачи подразделения в предстоящем бою. На занятия наряду с общевойсковыми офицерами привлекались представители приданных и поддерживающих частей и подразделений. Это позволяло лучше отработать вопросы взаимодействия и управления.
Исключительно важная роль в деле обучения и воспитания командных кадров 40-й армии отводилась разборам боевых действий. Они проводились: в соединениях и частях — ежемесячно, а при необходимости — сразу же после завершения боя; в батальоне — роте — после каждого боя в трехдневный срок по возвращении в места постоянной дислокации; в более мелких подразделениях — сразу же после завершения боя. На разборе детально анализировалась тактическая обстановка и оценивались действия каждого командира и подразделения при выполнении боевой задачи.
Не менее серьезной была подготовка рядового состава. До прибытия в Афганистан все воины проходили двухмесячную подготовку в соединениях Туркестанского и Среднеазиатского военных округов. Она была направлена на адаптацию человека к сложным климатическим условиям горно-пустынной местности, а также на повышение профессиональных навыков и морально-психологической закалки молодого поколения. По прибытии в Афганистан все военнослужащие проходили дополнительную подготовку в течение одного-двух месяцев в части и лишь после этого включались в боевую жизнь своего подразделения.
Подполковник Б. Карагодин, командовавший в Афганистане мотострелковым полком, утверждает, что «командиры всех степеней всегда дорожили молодежью и необстрелянных в бой не пускали». По прибытии в часть новобранцы сводились в специальное подразделение и проходили курс обучения под опекой специалистов, имевших опыт боев в горно-пустынной местности. Если не было возможности организовывать подготовку в масштабе части, то новички ее проходили в подразделениях, где к ним также прикреплялись солдаты и сержанты, имевшие боевой опыт. Такая подготовка обеспечивала планомерное вхождение в строй молодого пополнения и сокращала потери личного состава на поле боя.
Таким образом, при ведении боевых действий ограниченным контингентом советских войск в Афганистане существовала четкая система подготовки командного состава и войск, которая постоянно совершенствовалась. Основным направлением этого процесса следует считать максимальное приближение всех отрабатываемых учебных задач к реальным условиям боевой обстановки. В то же время постоянная высокая «текучесть» кадров и отсутствие заранее разработанных и апробированных боевым опытом руководств и методик отрицательно влияли на эффективность учебного процесса.
При решении различных оперативных и боевых задач войска 40-й армии тесно взаимодействовали с вооруженными силами Афганистана, которые состояли из сухопутных войск, военно-воздушных сил, противовоздушной обороны и пограничных войск. Кроме того, в их состав на правах видов вооруженных сил входили территориальные войска и формирования гражданской обороны, а также специальные войска, тыл армии и военно-учебные заведения. Общая численность вооруженных сил в разное время колебались от 120 до 150 тыс. человек.