Вернувшись через некоторое время, монахи обнаружили лишь руины. Так как монастырь было видно издалека и около него было легко высадиться, то он всегда оставался бы целью пиратских набегов, и братия решила перенести его на новое место. Для строительства был выбран труднодоступный участок земли (между современными Ксенофонтом и Дохиаром), где и построили небольшой монастырь в честь святителя Николая.
В 1083 году императором стал основатель династии Комнинов Алексий, обстановка в Византии стабилизировалась, страна обрела былую мощь, и монахи решили вернуть монастырь к морю. Дело в том, что на самом Афоне дорог тогда не существовало – пути сообщения были только морскими.
На месте, которое было выбрано и где сейчас находится современная обитель, тогда был небольшой заброшенный монастырь в честь Архистратига Михаила. Новый игумен, родом из Константинополя, был патрицием и занимал важную должность при дворе, на личное имущество и царские пожертвования он начал строительство монастыря: построил крепостные стены с бойницами, укрепленную башню, кельи для монахов, пекарню, трапезную – словом, всё необходимое. Он приобрел землю, скот, посадил виноградники, возделал поля и закрепил имущество и самостоятельность обители царскими указами. После этого он собрался возвести новый храм, достойный монастыря, и начал строительство на месте старой церкви.
Монастырское предание гласит, что на завершение его строительства не хватало средств. Но Божия Матерь открыла одному молодому послушнику место на монастырском метохе (подворье), где находился закопанный клад. Метох располагался на противоположном Афону полуострове Сифония. Посланные с мальчиком три монаха, соблазнившись, решили утопить его с камнем на шее и завладеть сокровищем. Но святые Архангелы Михаил и Гавриил спасли отрока и перенесли его в алтарь дохиарского храма. Преступление было раскрыто, сокровища пошли на завершение строительства монастыря, который из-за этого чуда был посвящен Небесным Силам Бесплотным. Молодой послушник потом принял постриг с именем Варнавы и в свое время стал игуменом его монастыря. Камень же, который был привязан к его шее, в удостоверение сего чуда до сих пор бережно хранится в монастыре.
Во время латинского нашествия Дохиар был захвачен и разорен. Пропали драгоценные сосуды, были похищены сокровища, изъяты важные рукописи. Кроме того, многие документы на имущество обители были уничтожены или повреждены.
Дохиару покровительствовал целый ряд византийских императоров и сербских игемонов. В трудные времена XIV столетия император Иоанн V Палеолог и сербский государь Стефан Душан оказывали монастырю разнообразную помощь. Благодаря их помощи обитель пережила краткий период расцвета. Она смогла выкупить ранее принадлежавшие ей участки и закрепить их за собой официальными документами.
В следующем столетии, когда Афон перешел под владычество турок, обитель пережила период упадка – пожалуй, самый значительный в его истории, каких монастырь никогда не переносил, даже после разрушительных пожаров.
Но в 1560 году священник из Адрианополя по имени Георгий исцелился здесь от серьезного недуга, погрузившись в источник святых
Архангелов, находящийся на территории монастыря, и в благодарность завещал монастырю свое имущество.
Также в XVI веке с помощью Александра, молдавского господаря, и его жены монастырь был возрожден после турецкого погрома.
XVII столетие знаменательно тем, что были восстановлены башни монастыря, и в 1660 году ему присвоен титул ставропигиального.
В 1777 году иеромонах Авксентий Кефаллинеос с горечью писал: «Братии монастыря, одолеваемой выплатой непосильных налогов, угрожало полное истребление от агарян, и мы выходили в мир собирать то, что Бог даст христианам… Монастырь погибал: монахи снимали прекрасные паникадила и со слезами на глазах отправляли их на переплавку». В этот непростой период монахи с помощью сбора пожертвований пытались сохранить жизнь в монастыре.
В конце XVIII века на арену выходит мощная фигура ризничего Кирилла Хьополитиса, оставившего важный след в истории обители. Он организовал канцелярию, начал строительство новых зданий, оздоровил финансовую ситуацию, украсил церковь (новый алтарь, иконы, серебряные сосуды, паникадила и мощевики), пригласил Никодима Святогорца, который навел порядок в архиве: собрал все древние рукописи в кодекс, к которому в 1792 году написал замечательный пролог, составил каталог рукописей, большинства книг (монастырский архив почти полностью сохранился доныне), священных сосудов и сокровищ.
Во времена греческого восстания против Османской империи в 1821 году турки, оккупировавшие Афон, не только жестоко пытали монахов, но и разграбили все монастырские сокровища. Лишь после отвода турецких войск началось восстановление обители.