Затем скит переживал не лучшие времена. Явилась даже чума — явное наказание Божие скитянам, так как уносила она жизни только в Ильинском скиту. В то время произошла страшная распря с великороссами, составлявшими меньшую часть скита, и они были изгнаны вместе с иеромонахом Павлом, выдающимся подвижником, ставшим вскоре духовником русского братства в Пантелеимоновом монастыре. Мне уже приходилось писать об этой позорной истории и о том, как недолговечна человеческая память. Забыли ильинцы свой позор и снова стали ругать этого поистине святого мужа. И, увы, читая историю скита, я снова натыкаюсь на пристрастное описание этой истории: «При слабохарактерном и малоопытном игумене Павле в Ильинском скиту произошли несогласия между братиями». Далее повествуется о том, что этим воспользовались пантократоровцы и отобрали документ, выданный Протатом в 1766 г., с подписью 20 монастырей о том, что они предоставляют скиту полную независимость. Украдены были также: договор 1798 года с игуменом Афанасием о выделении скиту земли, царская грамота императора Никифора Фоки 964 года некоему Успенскому ставропигиальному монастырю о даровании частицы Животворящего Креста Господня, грамота о приобретении в 1809 году у этого монастыря Ильинским скитом частицы Креста, а также части левой стопы святого апостола Андрея Первозванного. И все это будто бы из-за о. Павла, который во время чумы в скиту не принимал никаких мер предосторожности, служил литургии, причащал заболевших, отпевал умерших и при этом остался живым. Виновата не распря, из-за которой утрачены документы, а о. Павел. И вот останки предводителя восставших были откопаны. Эта история хорошо известна и приводится в летописи Свято-Андреевского скита.
Изгнание из Ильинского скита подтолкнуло великороссов к созданию собственной обители, которой вскоре стал Андреевский скит. А Ильинский потом долго еще лихорадило. Ни один игумен не мог долго быть в монастыре. Досаждали ильинцы даже русским дипломатам. Константин Леонтьев, будучи на дипломатической службе, весьма жаловался на свободолюбивый нрав запорожских казаков-монахов.
Вот тогда-то в эту духовную и физическую разруху и явился уроженец Бессарабии Паисий II, болгарин по национальности, и братия снова стала умножаться. Два раза бросали ильинцы жребий, и дважды он указывал на келиота Паисия, жившего на Капсале, и не случайно. В этом же 1841 году он закончил постройку храма святителя Митрофана, который был тут же освящен. Построил он еще два скитских храма в честь святителя Николая и Архистратига Божия Михаила. В 1846 году был построен большой двухэтажный корпус с пекарней, кухней и кельями. В 1847 году — еще корпус для канцелярии и келий. Умер подвижник в 1871 году. Достаточно привести слова одного из историков скита: «Редко можно встретить в одном человеке столько добродетелей, как в лице о. Паисия II, настоятеля Ильинского скита и, по сути, его основного строителя. Горячая вера, любовь к Богу, доверие и простота в отношении к людям, высокие хозяйственные качества сделали его одной из известнейших личностей на Афоне. А за тридцатилетнее управление он превратил скит в обитель, известную далеко за пределами Афона. Еще при жизни он был порадован многими знамениями и даром предвидения».