Сам руководитель секретариата Меер Москвин, курировавший, кроме указанных компартий, службу связи ИККИ и отвечавший за взаимодействие с органами НКВД/был 23 ноября 1938 г. арестован, а 1 февраля 1940 г. приговорен Военной коллегией Верховного Суда СССР к расстрелу. Он был единственным кандидатом в секретари ИККИ и членом Президиума ИККИ, репрессированным в исследуемый период. Ранг остальных коминтерновских «сановников», тех, кто, являясь сотрудником ИККИ, одновременно входил в избираемые конгрессами и пленумами высшие органы Коминтерна, был существенно ниже.
10 июня 1937 г. арестовали кандидата в члены Президиума ИККИ, заместителя главного редактора журнала «Коммунистический Интернационал» поляка Бронислава Бронковского (Бортновского). 3 ноября 1937 г, он был приговорен к расстрелу.
11 сентября 1937 г. органы НКВД арестовали кандидата в члены ИККИ, представителя Компартии Польши при ИККИ Яна Белевского (Пашин)
. И декабря того же года Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила его к расстрелу. 1 декабря сотрудники НКВД арестовали другого кандидата в члены ИККИ — представителя Коммунистической партии Латвии при ИККИ Яна Круминя. Он был приговорен к расстрелу 15 марта 1938 г.Кроме вышеназванных лиц, в 1937–1938 гг. был репрессирован целый ряд членов Интернациональной контрольной комиссии Коминтерна: эстонец Я. Анвельт
, литовец Зигмас Ангаретис (Алекса), болгарин Петко Искров, поляки Франц Гжегожевскнй (Францишек Гжелыцак), Хенрик Валецкий (Максимилиан Хорвиц), А. Краевский, а также уже упоминавшийся Г. Эберлейн.На сегодняшний день документально известна судьба 85 из 113 арестованных в годы «великой чистки» коминтерновцев. Два человека не дождались вынесения приговора: 11 декабря 1937 г., в 8 часов вечера, умер от пыток ответственный секретарь Интернациональной контрольной комиссии Я. Анвельт, и 12 ноября 1940 г. скончался в тюремной больнице от хронического туберкулеза А. Мунк-Петерсен.
57 сотрудников аппарата сразу же были приговорены к расстрелу, из них девять — женщины. Это уже упоминавшиеся швейцарки Л. Дюби, И. Гартман, Б. Циммерман; немки Люция Миллер (Ронтке), Анна Гоше, Марта Мориц; польки Р. Езерская и Анна Фишер (Цецилия Фортрефлнх); румынка Мария Чобав (Эяеиа Филиппович).
24 коминтерновца были осуждены на различные сроки заключения, 13, из них — женщины. Работавшая шифровальщицей в службе связи ИККИ Б. Даниэль, отсидев по первому приговору от 19 ноября 1937 г. 8 лет в лагерях, во время войны была вновь осуждена на 10 лет заключения. Второй срок получил после первых 15 лагерных лет и политический помощник О. Куусинена Манфред Стерн, известный в Испании под именем генерала Клебера.
Наиболее трагично сложились судьбы сотрудника Интернациональной контрольной комиссии Г. Эберлейна
и сотрудника секретариата Эрколи, члена германской компартии с 1926 г. В. Петермана. Оба сначала были приговорены к тюремному заключению — 15 и 5 лет соответственно — и затем расстреляны: первый по приговору от 30 июля 1941 г., второй — 12 сентября 1942 г. по приговору от 24 июля 1942 г.Из 57 приговоренных к расстрелу не менее 11 были расстреляны в день объявления приговора: советский сотрудник службы связи Борис Менис
, заведующий отделом кадров ИККИ Г. Алиханов; сербы Душан Дреновский, Радомир и Грегор Вуйовичи, работавшие соответственно в отделе кадров, отделе пропаганды и в службе связи Коминтерна; черногорец И. Мартынович; хорват В. Чопич; иранский армянин Ерванд Орбеляани, а также Б. Бронковский, И. Гартман и Л. Мюллер. В то же время были случаи, когда интервал между приговором и днем казни растягивался на несколько месяцев. Случай В. Петермана уже упоминался. Бывший заведующий службой связи ИККИ Борт Мюллер (Мельников), приговоренный к расстрелу 25 ноября 1937 г., был казнен только через 8 месяцев — 28 июля 1938 г.! Отсрочка казни Б. Мюллера объясняется желанием Сталина выбить из него показания против Иосифа Пятницкого (Таршиса), долгое время являвшегося секретарем ИККИ и членом его Президиума, а с 1935 г. возглавившего политико-административный отдел ЦК ВКПб). Как известно, на июньском Пленуме ЦК ВКП(б) 1937 г. И. Пятницкий открыто выступил против усиления репрессий в стране, в частности против физического уничтожения Н. Бухарина и предоставления наркому внутренних дел Н. Ежову чрезвычайных полномочий.