Прошло полгода. За это время произошло немало значимых событий. Был пойман прятавшийся от правосудия председатель SEELE Кил Лоренц и окончательно разрушена сеть этой тайной организации, наброшенная ей на мир. Серийные Евангелионы были полностью разобраны и безвозвратно уничтожены. Ева-02, переданная России в качестве платы за помощь, вернулась назад в Японию. Ева-01 заняла постоянное место в возрожденном ГЕХИРН, штаб-квартира которого расположилась внутри Геофронта по соседству с пирамидой НЕРВ. Теперь этот институт занимался разработкой новых биотехнологий, а не попытками устроить Третий Удар. Ученики Майи Ибуки продолжали исследования природы человека и Ангелов. Терминальная Догма была тщательно заизолирована от окружающего мира. Бывшие сотрудники НЕРВ получили более высокие звания и заняли видные места в армии или научных заведениях. Очень интересно сложилась судьба пилотов Евангелионов. Они тоже нашли свое счастье.
Аска после продолжительного лечения в госпиталях ООН вышла замуж за Синдзи Икари. Это была самая величественная свадьба в мировой истории. На нее прибыли главы многих государств, которые ради этого были вынуждены скорректировать все свои планы на ближайшее время. Этот брак столь несовместимых людей оказался необычайно удачным. Уже через год после его заключения у Аски родилась двойня. Малышкам дали имена Юй и Киоко, в память о матерях пилотов.
Рей Аянами так и осталась одинокой, потому что с этим миром ее почти ничего не связывало. Единственное существо, которое пыталось помочь ей, было не человеком, а Ангелом.
Табрис получил нормальные документы и все знающие его тайну поклялись молчать о ней до самой смерти. Но жизнь в людском обществе вызывала у него раздражение. Его непреодолимо тянуло к Аянами Рей. И вскоре они сыграли свадьбу.