Иоанникий и Софроний, упрочив свои позиции преподавателей академии и выйдя «победителями» в конфликте вокруг евхаристии, до 1694 года преимущественно занимались преподаванием. В это время они сочиняли и составляли учебники для своих студентов, делали переводы с греческого для Печатного двора и сочиняли новые полемические труды против «латинян». Это довольно спокойное существование закончилось в 1694 году с увольнением братьев из академии и переводом их на Печатный двор в качестве справщиков и переводчиков. Некоторые историки, как российские, так и западные, объясняют изгнание Лихудов реакцией со стороны традиционалистской «грекофильской» церковной иерархии, недовольной преподаванием латыни в академии. Впрочем, эти исследователи нередко затрудняются точно указать, имеют ли они в виду русских или греческих иерархов, а также не объясняют, в чем заключался этот традиционализм. Более того, те же самые авторы обычно оставляют без внимания очень четкие свидетельства того, что опала Лихудов по сути стала результатом их попытки бегства из Москвы, вызванного предосудительным поведением одного из сыновей Иоанникия220
.Сменцовский в своей биографии Лихудов очень четко и подробно излагает причины, по которым Лихуды были отстранены от преподавания. Он подчеркнуто возлагает вину за это в первую очередь на самих Лихудов221
. Явно возгордившись своим высоким статусом преподавателей академии и своими связями с патриаршим и царским дворами, Лихуды возомнили себя вождями греческой общины в русской столице. Иерусалимский патриарх Досифей, несомненно, был в курсе их деяний как в академии, так и за ее стенами, но, судя по всему, смотрел на все это сквозь пальцы, так как оба брата были весьма полезны ему в России. До 1693 года Досифей никак не порицал ни предполагаемого высокомерия Иоанникия и Софрония по отношению к московским грекам, ни их учебной программы. Наоборот, полный замыслов патриарх решил вовлечь своих бывших протеже в планы по основанию греческой типографии в Москве. С этой целью Досифей в 1692 году отправил в Москву своего племянника архимандрита Хрисанфа, впоследствии наследовавшего ему, с существенным запасом рукописных греческих сочинений, чтобы добиться от двух братьев-учителей поддержки его проекта222. Хрисанф прибыл в Москву 13 ноября 1692 года. Он не только предпринял попытки основать греческую типографию, но и обратился к царям с прошением о вспомоществовании, а также об их вмешательстве в будущие переговоры с турками ради возвращения Гроба Господня (в то время находившегося в руках католической церкви из‐за давления французов на Порту) под контроль православного Иерусалимского патриархата. В свете последующих событий следует подчеркнуть, что у Хрисанфа также имелось личное послание его дяди Лихудам, в котором Досифей превозносил и их древнюю родословную, и успехи в академии, – свидетельство того значения, которое братья придавали признанию их семейных корней, а также четкого понимания, имевшегося у Досифея, что такая лесть в перспективе принесет пользу его племяннику, искавшему у Лихудов поддержки для осуществления патриарших замыслов223.И все же надежды Досифея оказались тщетными. Несмотря на то что цари и патриарх Адриан положительно отнеслись к его просьбе и поручили Лихудам вычитывать корректуру, проект так и остался неосуществленным. Лихуды по неизвестным причинам поссорились с Хрисанфом. По-видимому, они не желали ни оказывать ему поддержку, ни расставаться со своими позициями при российском царском дворе, ни тратить время и силы на типографию. Более того, московский патриарх, судя по всему, обошелся с Хрисанфом намного менее почтительно, чем ожидал Хрисанф как должностное лицо и посол Иерусалимского патриархата. Узнав о том, какой прием был ему оказан, Досифей неожиданно изменил свое милостивое отношение к Лихудам и перешел в наступление. 15 июля 1693 года он отправил Иоанникию и Софронию злобное письмо, в котором обвинял их во всяческих неблаговидных поступках по отношению как к академии, так и к другим грекам. Он утверждал, в частности, что Лихуды неправомочно присвоили княжеские титулы, участвуют в торговых сделках, не приличествующих иеромонахам, оказывают помощь лишь отдельным нуждающимся грекам и включили в учебную программу своей школы изучение латыни224
. Спустя месяц Досифей отправил аналогичное письмо московскому патриарху, в котором повторял обвинения в адрес Лихудов и добавлял, что те в нарушение воли восточных патриархов преподают в академии латынь, физику и философию. Досифей завершил свое письмо призывом к патриарху Адриану позаботиться о том, чтобы Иоанникий и Софроний ограничились греческим языком и прекратили внеакадемическую деятельность, то есть торговлю225.