Хотя этот "протест общественности" был инспирированным, однако в тот период у Лысенко действительно случился ряд неудач: поддержанная им теория О. Лепешинской подверглась критике многих учёных; начатые им, по инициативе Сталина, работы с ветвистой пшеницей не дали положительных результатов и были прекращены.
Впрочем, в глазах Н. Хрущёва самым большим "недостатком" Т. Д. Лысенко явилось его прохладное отношение к освоению целины, ставшему тогда, по воле первого секретаря ЦК КПСС, приоритетом сельскохозяйственной политики страны. Без энтузиазма относился Т. Д. Лысенко и к "борьбе за кукурузу" — повсеместному насаждению этой культуры по личному ("волюнтаристскому") решению Хрущёва; к внедрению её двойных межлинейных инцухт-гибридов.
Зато противники Т. Д. Лысенко охотно пользовались пристрастиями и капризами "нашего дорогого Никиты Сергеевича" чтобы войти к нему в фавор и повысить свой общественно-политический статус. Целинная, как и кукурузная кампании поддерживались, в основном, научными оппонентами мичуринцев, вейсманистами[17]
.В 1956 году Т. Д. Лысенко покинул пост президента ВАСХНИЛ.
В начале 1960-х гг. данные по сбору зерновых и технических культур показали его заметное снижение. Видимо, это послужило причиной решения Хрущёва вернуть Т. Д. Лысенко в 1961 году на пост президента ВАСХНИЛ. Хотя снова, и уже окончательно он ушёл в отставку в следующем году, однако до конца своего пребывания у власти Н. Хрущёв всё же ценил Т. Д. Лысенко и общее направление работ его соратников. В феврале 1964 года, на пленуме ЦК КПСС, он говорил:
Оппоненты Лысенко продолжали критиковать его научные и мировоззренческие концепции. С начала 1960-х гг. эта критика стала переходить в кампанию диффамации работ и личности Лысенко, несколько сдерживавшуюся лишь его высоким научно-административным положением и поддержкой со стороны Хрущёва. После отставки Хрущёва против Лысенко была развернута настоящая информационная война, с навешиванием идеологических ярлыков и приписыванием политических обвинений.
В 1965 году Т. Д. Лысенко подал в отставку с поста директора Института генетики АН СССР. Сам институт был реорганизован в Институт общей генетики; его возглавил Н. П. Дубинин.
Оставшуюся часть жизни Т. Д. Лысенко работал научным руководителем фермы "Горки Ленинские", где продолжал свои исследования в области агротехники и повышения жирномолочности у коров.
Требования Т. Д. Лысенко о соединении науки с производством привели к отстранению от привычных государственных кормушек многих "чисто академических учёных", в результате чего он нажил себе немало личных врагов. Занимаясь развитием сельского хозяйства, разрабатывая и внедряя методы повышения урожайности зерновых и овощных культур, способствуя процветанию своей страны, он нажил ещё больше врагов, уже не только личных, но и общественных. Наконец, критикуя доктрины Вейсмана, являвшиеся в те годы псевдонаучной основой расизма и евгеники, утверждая в советской биологии прямо противоположные вейсманизму положения о возможности изменения наследственности под влиянием изменений в условиях жизни, он нажил новых врагов, идеологических, гораздо более опасных и злопамятных. Все эти группы постарались создать в обществе искажённое представление о теоретических взглядах, практических работах, общественно-политической позиции Т. Д. Лысенко.