Лысенко также отвергал утверждение о независимости расщепления признаков от внешней среды, и считал, что менделевским соотношением можно управлять. "Мы не отрицаем 1:3, мы отрицаем, что нельзя управлять этим соотношением"
(Агробиология", стр. 194–195; "Спорные вопросы…", стр. 36)[45].Отношение к хромосомной теории наследственности
. Лысенко признавал особую роль в передаче наследственных признаков хромосом. "Верно, что хромосомы существуют. В половых клетках число их в два раза меньше, чем в обычных. При наличии половых клеток с теми или иными хромосомными изменениями из этих клеток получаются изменённые организмы. Правильно, что те или иные видимые, морфологические изменения данной изученной хромосомы клетки часто, и даже всегда, влекут за собой изменения тех или иных признаков в организме. Доказано что наличие двух X-хромосом в оплодотворенном яйце дрозофилы обычно решает вопрос выхода из этого яйца самки, а не самца. Все эти факты, как и другие фактические данные, верны" ("Генетика").Признавал он и концепцию "гена" как внутреннего фактора наследственности. "Не прав также акад. Серебровский, утверждая, что Лысенко отрицает существование генов. Ни Лысенко, ни Презент никогда существования генов не отрицали"
("Агробиология" стр. 195).Однако некоторые ключевые положения господствовавшей в его время хромосомной теории Моргана он не признавал.