В своих публикациях и выступлениях 1930-40-х гг. Т. Д. Лысенко поддерживал ряд ключевых положений дарвинизма: естественный отбор; его влияние на эволюцию живых существ; преобразование видов. На сессии ВАСХНИЛ 1948 года он говорил: "Появление учения Дарвина, изложенного в его книге "Происхождение видов", положило начало научной биологии… Дарвин своей теорией отбора дал рациональное объяснение целесообразности в живой природе. Его идея отбора научна, верна"
("Агробиология", стр. 546). Положительные качества дарвинизма Т. Д. Лысенко видел также в подчёркивании им необходимости изучения отношений живых организмов между собой и с внешней средой; в связывании теории и практики. "По своему содержанию учение об отборе — это взятая в самом общем виде многовековая практика земледельцев и животноводов… Сельскохозяйственная практика для Дарвина послужила той материальной основой, на которой он разработал свою эволюционную теорию, объяснившую естественные причины целесообразности устройства органического мира" (там же). Кроме того, Лысенко находил в работах Дарвина аргументы в поддержку развивавшейся им мичуринской биологии: признание возможности направленного изменения наследственности, наследования приобретённых признаков, существования вегетативных гибридов. Он часто цитировал и самого Дарвина, и видных дарвинистов прошлого.Вместе с тем, выдвижение в мичуринской биологии на первый план положений о прямом
влиянии внешней среды/условий жизни на адаптивные изменения наследственности понижало значение естественного отбора, как косвенной причины таких изменений. Ведь если изменения во внешней среде непосредственно изменяют наследственность, приспосабливая организм к новым условиям, то нет необходимости привлекать для объяснения этой приспособленности ещё и естественный отбор; во всяком случае его роль существенно снижается.Дарвин и сам понимал, что признание возможности направленного изменения наследственности и наследования приобретённых признаков уменьшает значимость естественного отбора, как фактора, объясняющего целесообразность в природе, приспособленность живых существ к внешней среде. Он предлагал считать естественный отбор основным
фактором приспособленности, а прямое влияние внешней среды на наследственность и наследование приобретённых признаков — второстепенными. В мичуринской биологии, однако, дела фактически обстояли обратным образом.Мало того, представления о прямом влиянии внешней среды/условий жизни на адаптивные изменения наследственности не только уменьшали значимость естественного отбора в природе, но и ставили под вопрос концепцию "эволюции" в её традиционном понимании — как усложнения организмов. В самом деле, если основным фактором изменчивости организмов является приспосабливающий отклик на изменение внешних условий, то ниоткуда не следует, что такая изменчивость обязательно должна быть усложняющей.
Таким образом, теория направленных изменений наследственности (мичуринская биология), развивавшаяся Лысенко, являлась потенциально конфликтной с основными, наиболее важными представлениями дарвинизма — естественным отбором и эволюцией.
Далее, критика со стороны Т. Д. Лысенко концепции случайных мутаций
и использования понятия "случайность" в научных теориях[57], хотя и была направлена против вейсманизма, задевала также и дарвинизм, где изменчивость организмов, на которую действовал отбор, имела неопределённый-"случайный" характер.Вполне понимая эти обстоятельства, Т. Д. Лысенко характеризовал свою систему как творческий
дарвинизм, развивающий собственно дарвиновскую теорию и преодолевающий некоторые её недостатки. Впрочем, даже если бы Лысенко пришёл к заключению о сомнительности дарвинизма как науки, вступить с ним в принципиальную полемику он бы не смог по идеологическим соображениям.Дарвиновская теория происхождения видов являлась умозрительной, не имевшей опытных подтверждений, гипотезой, переносившей выводы, сделанные Дарвиным на основе изучения разновидностей,
на виды. Больше того, против неё были выдвинуты серьёзные возражения: отсутствие предполагаемых ископаемых переходных форм между видами, исчезающе малые значения вероятности дарвиновских "неопределённых изменений" наследственности, которые могли бы преобразовать один вид в другой, и т. д.