Затем возникла новая проблема. В конце зимы 1942 года выяснилось, что в ряде районов восточных областей СССР многие семенные партии зерновых имеют низкий уровень всхожести семян, иногда порядка 30–40 %. Т. Д. Лысенко предложил простой метод, с помощью которого некондиционные по всхожести семена пшеницы и других зерновых хлебов можно было сделать хорошо всхожими. А именно, из экспериментов Лысенко с сотрудниками выяснилось, что некондиционность семян зерновых хлебов часто являлась следствием не гибели зародышей, а того, что они, попав сразу после уборки в холодные морозные условия, характерные для Сибири и Казахстана, не успевали закончить к посеву дозревание. Лысенко предложил с наступлением весны как можно быстрее выгрузить из зернохранилищ колхозов семена пшеницы и рассыпать их тонким слоем на брезент, мешковину и другие подстилки, чтобы их обогрело солнце и наружный воздух. В результате, при температуре 5-15° семена за одну-две недели успели дозреть и степень их всхожести существенно повысилась. В ряде случаев она составила 90, 95, и даже 99 % — вместо прежних 30–40 %.
Ещё одним полезным агротехническим предложением Лысенко стала посадка картофеля верхушками клубней. С клубня срезалась верхушка 10–15 грамм, оставляемая для посадки; остальная часть использовалась для питания. Была разработана инструкция населению, как хранить до весны, проводить предпосадочную яровизацию и сажать верхушки картофеля. Все предприятия общественного питания и промышленности, использовавшие сырой картофель, обязывались срезать и хранить верхушки. Благодаря этому предложению в тяжёлое время войны был обеспечен дополнительный посадочный материал.
В 1943 году за разработку и внедрение методики посадки картофеля верхушками клубней Т. Д. Лысенко была присуждена ещё одна Сталинская премия.
Т. Д. Лысенко и его коллеги перечислили свои части премии на нужды фронта. От имени Верховного главнокомандующего И. В. Сталина им была послана телеграмма с благодарностью.
Далее возникла новая проблема. Перед посевом озимых культур землю полагается вспахать. Но молодые трактористы ушли на фронт, а горючих материалов не хватало. Т. Д. Лысенко предложил сеять озимые по стерне, утверждая, что остатки срезанных стеблей колосьев после уборки яровых будут способствовать задержанию снега и нормальному развитию растений. Хотя вначале предложение Лысенко было встречено с недоверием и даже с насмешками, оно оказалось полезным. Посадки по стерне озимой ржи и пшеницы дали немалую прибавку к урожаю.
После окончания войны агроприём посева по стерне нашёл применение как метод борьбы с ветровой эрозией почв и применялся не только в СССР — в Сибири и Казахстане — но и в других странах.
В июне 1945 года Т. Д. Лысенко, по представлению И. В. Сталина, было присвоено звание Героя Социалистического труда, за успешное выполнение заданий по обеспечению фронта и населения страны продовольствием, а промышленности сельскохозяйственным сырьем.
По свидетельству Ю. Т. Лысенко, когда на заседании правительства, где обсуждалось присвоение званий Героя Социалистического труда, своих кандидатов предложила Академия наук СССР, Сталин, который вёл заседание, осведомился: "Лысенко в списке есть?" Представитель академии, смутившись, ответил: "нет". "Включить", распорядился Сталин. Кто-то из собравшихся спросил: "за что?" Имелось в виду, понятное дело, уточнение формулировки к постановлению о награждении, но Сталин подумал, что ему возражают, и возмущённо воскликнул: "Как это — за что?? Да хотя бы за заготовку проса — мы всю войну кормили армию этим просом!" В сентябре 1945 года Т. Д. Лысенко был награждён ещё одним орденом Ленина.
Дискуссии по проблемам биологии в 1940-х гг
. В послевоенное время между мичуринским и вейсманистским направлениями в биологии вновь разгорелся конфликт. На этот раз, в отличие от 1930-х гг., он носил не столько научный, сколько идеологический характер. В 1946-47 гг. вейсманисты предприняли атаку против Лысенко, стараясь "сбросить" его с поста президента ВАСХНИЛ. Вначале их наступление, проводившееся с привлечением партийного аппарата, прессы, общественности, попытками оказать давление на правительство из-за рубежа, было успешным. Однако вскоре оно полностью провалилось, притом с большими потерями для его инициаторов.31 июля — 7 августа 1948 года состоялась сессия Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук имени В. И. Ленина, в которой участвовало более 700 человек. Она началась докладом Т. Д. Лысенко "О положении в биологической науке". Затем в прениях выступили мичуринцы и вейсманисты. Позиции обеих конкурирующих направлений в биологии и существующие между ними разногласия были подробно изложены. Подавляющее большинство участников одобрило доклад Лысенко.