Затем Альба принялся за работу. Он начал 5 сентября 1567 года с учреждения следственного суда — «Совета о мятеже», который народ прозвал «Советом крови». «Совет о мятеже» имел в политической сфере те же задачи, что и инквизиция в религиозной, то есть преследование и устранение мятежных умов. Его задачей были допросы и сбор доказательств; приговор выносил председатель — герцог Альба.
С самого начала совет вызвал всеобщую ненависть из-за последовавшего через четыре дня после его учреждения ареста графа Эгмонта и графа Горна, а также антверпенского бургомистра Стрэлена, приглашенных для обсуждения вопроса об укреплении Антверпена. Маргариту заранее не оповестили об этом событии; ответственность взял на себя герцог Альба. С королем Филиппом было согласовано, что следует «отсечь главы», дабы лишенный руководства народ вновь привести к смирению. Процесс против Эгмонта начался еще до учреждения «Совета о мятеже». Филипп согласился с предложениями Альбы о том, как обойти привилегии Эгмонта, который был рыцарем ордена Золотого Руна.
В остальном деятельность «Совета крови» была вначале не слишком обширной. Альба не спешил применять строгие меры, в гораздо большей степени он старался, как и во время боевых походов, подавить основное сопротивление, вызвав у противника страх своими приготовлениями и репутацией. Лишь на второй год приговоры с гали многочисленнее, но и тогда количество их составляло от 6 до 18 в месяц.
Затем он заложил крепость в Антверпене — этому жители города успешно сопротивлялись при всех властителях уже в течение столетия.
Следующим шагом герцога было послать вспомогательный корпус для поддержки католической партии во Франции. Эта мера стала последней, с которой пришлось смириться Маргарите Пармской как правительнице, проводившей политику невмешательства. Вскоре она покинула свой пост, и Альба стал во главе тринадцати провинций. Его полномочия, с самого начала детально расписанные, постоянно расширялись; он распоряжался как истинный правитель. В мае 1569 года король даже уполномочил его самостоятельно вести переговоры со всеми царствующими домами и князьями. Впрочем, Альба все докладывал королю точнейшим образом; и хотя, после того как герцог послал в Испанию наемных офицеров, король по- жаловался, что Альба скоро будет считать Испанию страной, в которой он может издавать законы по своему усмотрению, в первые годы не было случая, чтобы Филипп не согласился с его мероприятиями.
Герцог уделял много внимания также улучшению управления страной. Он принял меры по унификации мер и весов, равному налогообложению всех классов и честному правосудию.
Поскольку герцог всеми своими действиями выказывал осмотрительность и предосторожность, а также избегал крайностей, то нидерландские дворяне, бежавшие за границу, были разочарованы в своих надеждах на восстание населения против испанского режима и взялись за оружие, чтобы нарушить восстановленный покой. Они добывали деньги, нанимали войска и готовили нападения с севера и юга. Под Хейлигерли, на севере Нидерландов, ими была одержана внушительная победа (в этой битве погибли брат принца Оранского и один из генералов Альбы). Однако сказывалось отсутствие способных командиров, которые сумели бы правильно использовать победу, и единства действий двух армейских групп, кроме того, не было поддержки со стороны населения. Гнет испанцев оказался не более сильным, чем гнет соотечественников.
Однако восставшие вынудили Альбу решиться на суровые действия. Так, он активизировал процесс против Эгмонта, который тянулся уже давно, и приговорил графа и его друга Горна к смерти. Несмотря на протесты князей и членов ордена, 6 июня 1568 года, через 14 дней после поражения испанцев, оба были казнены. Известно, что герцог Альба, не пожелавший смотреть на это, в слезах метался по своему дворцу. Позже он вступился за вдову и детей Эгмонта, как и за других членов семей тех, кто стал жертвой его действий. Хотя и в этом, и в других случаях им владели человеческие чувства, тем более что физическое состояние причиняло ему длительные страдания, его понимание службы королю и религии побуждало к насильственным действиям.
После столь наглядного урока Альба отправился на театр военных действий. Несмотря на привычку не выступать против более сильного противника, у местечка Гемминген на Эмсе он вступил в битву. Мушкеты сыграли свою роль, ландскнехты восставших быстро обратились в бегство, и в то время как Альба не потерял и сотни человек, почти половина вражеского войска погибла в волнах Эмса и прилегающих болотах.