События, последовавшие за нашим возвращением из Наугейма, не способствовали успокоению Ал. Андреевны. В это лето отца нашего разбил паралич. До конца своей жизни он остался без ног и без языка и впал в детство. Еще весной он был полон сил, занимался наукой, читал лекции, всем интересовался, а в начале лета был постоянным спутником внуков во всех их прогулках. Отныне его поддержка и бодрящее с ним общение были потеряны. Нам приходилось переносить лишь причуды трудного больного, требующего постоянного внимания и забот. В 1900 г. уехала в Сибирь сестра Софья Андр. вместе с мужем и обоими сыновьями, товарищами Сашиных игр и любимцами Ал. Андр. Расставанье с ними было для нее большим горем. Она заливалась слезами в последний день их пребывания в Шахматове перед отъездом в Сибирь. Несмотря на то, что в год их отъезда Саше было уже почти 20 лет, а им 17 и 15, он еще охотно проводил с ними время, предаваясь самым невинным и веселым мальчишеским дурачествам. Без них исчез элемент этого здорового веселья. Теперь вполне ясное и жизнерадостное настроение исходило только от бабушки, так как запас ее жизненных сил был неиссякаем: они били ключом почти до последних дней ее жизни. Все эти испытания еще более расшатали нервы Ал. Андр. В пору возмужалости сына и расцвета его поэтического дара мать испытала живейшие радости, но не стала уравновешенней. Особенно тяжело доставались ей темные зимние месяцы. Хуже всего чувствовала она себя в ноябре и так же, как сын ее, очень рано начинала ощущать приближение весны, которая всегда ее ободряла. Это было ее любимое время года. Особенно радовалась она весенним цветам и в Шахматове, во время цветения яблонь, приходила в восторженное состояние, которое тоже носило подчас характер не совсем нормальной приподнятости.
Этот этап ее жизни был отмечен по преимуществу мистическим, религиозным характером. Усиленный интерес к религии, одно время почти заглохший, проявился теперь в новой форме. Ее не удовлетворяло обычное отношение к религии, она искала нового направления и новых путей. Ее внимание было обращено исключительно на духовную сторону. Не уклоняясь от христианства, она воспринимала