Скончался Федор 20 января 1864 года, согласно метрической записи 80-ти лет от роду. Был похоронен в ограде Богородице-Алексеевского мужского монастыря, на могиле почитателями был установлен крест с надписью: «Здесь погребено тело Великого Благословенного старца Феодора Козьмича, скончавшегося 20 января 1864 года». На второй день после смерти старца был сделан его карандашный портрет на смертном одре (при жизни Федор отказывал в написании своего портрета). В 1866 году по инициативе купца Хромова был написан карандашный портрет старца, имевшего схожие черты лица с императором Александром I, но не совпадающие с лицом старца, нарисованным сразу после его смерти. С него томским фотографом Ефимовым были сделаны фотоснимки, которые пользовались популярностью среди горожан. Позднее Хромов заказал у неизвестного томского художника два портрета: императора Александра I (копия с портрета работы Д. Доу) и Федора Кузьмича, которые повесил в келье старца. Позднее портреты были помещены в часовню, построенную над его могилой. В 1924 году после закрытия Богородице-Алексеевского монастыря они поступили в собрание Томского областного краеведческого музея.
После смерти старца купец Хромов разбирал оставшиеся после него вещи. Среди них им якобы были обнаружены: документ о бракосочетании императора Александра I: «толстый лист синеватого цвета, где часть слов была отпечатана типографским способом, а часть написана от руки. Внизу листа находилась белая печать с изображением церкви»; небольшое резное распятие из слоновой кости; цепь ордена Андрея Первозванного; нарисованный вензель в виде буквы «А»; псалтырь с надписью: «Сей псалтырь принадлежит Саранской Петропавловской обители рясофорному монаху Алексею Золотареву». Также были найдены короткие шифрованные записки, получившие название «тайна Федора Кузьмича».
Незадолго до своей смерти Феодор со словами: «В нем моя тайна» – указал Хромову на мешочек, висящий над кроватью старца. После кончины старца мешочек был вскрыт, в нем обнаружились две записки – узкие бумажные ленты, исписанные с обеих сторон. Кроме этих записок, сохранилась написанная старцем выдержка из Священного Писания, датированная 2 июня 1849 года, и конверт с надписью «Милостивому государю Семиону Феофановичу Хромову». Содержание записок было довольно туманным и при желании позволяло интерпретировать их как в качестве подтверждения, так и опровержения легенды об императорском происхождении старца.
Вся эта история, где некоторые подлинные моменты соседствуют с вымыслами, породила обширную литературу «на тему», включая и известную повесть Л. Н. Толстого «Записки Федора Кузьмича». Великий князь Николай Михайлович Романов, биограф Александра I, имевший доступ к секретным материалам императорской семьи, в специальном исследовании, вышедшем в 1907 году, «Легенда о кончине императора Александра I в Сибири в образе старца Федора Кузьмича», опроверг эту нелепую версию. Он имел также несколько бесед со знаменитым писателем, который не настаивал на достоверности легенды, рассматривая ее лишь как материал для художественного произведения. Аргументированное опровержение дано и в книге К. В. Кудряшова «Александр I и тайна Федора Кузьмича» (Петроград, 1923 г.), в которой собраны и всесторонне проанализированы все данные по этому вопросу.
Серьезные историки обращают внимание на то, что адептами легенды ставятся под сомнение такие документальные материалы, как подробнейшие бюллетени о ходе болезни Александра I, акты вскрытия его тела, официальные донесения из Таганрога находившихся при умирающем императоре лиц, генералов царской свиты П. М. Волконского и И. И. Дибича. Наконец, имеются письма императрицы Елизаветы Алексеевны, находившейся при муже до самой его кончины, а также письма придворных дам – княгини С. Волконской и камер-фрейлины Е. Валуевой. Значительная часть этих материалов опубликована в свое время историками Н. К. Шильдером и великим князем Николаем Михайловичем Романовым.
Истинный византиец
Редкий историк не завершает свой труд об Александре I словами, что, мол, царствование его и личность настолько загадочны, что нуждаются в дальнейших изучениях и оценках. Предоставим заключительное слово современникам или почти современникам императора, эти свидетельства порой пристрастны, но они все-таки наиболее достоверны.