Вот что делали «злые невежды из религии христианской», как выразился Н.И. Тургенев. Но еще хуже приходилось науке в «блистательную эпоху преобразования совершенно обновленного Казанского университета», когда щит «благочестия и страха. Божия» оградил профессоров и воспитанников от яда вольнодумства и лжеименного разума. Магницкий констатировал в торжественной речи на акте, что «в то самое время, как лжеименная философия бунтует умы на Бога и людей, в университете нашем самый яд сей претворяется в целительное средство против буйной гордости разума». Магницкий восторгался тем, что «в Житиях Святых исчезла тень Брутов» и что блестяще доказана «нелепость естественного права».
За Казанским университетом наступила очередь Петербургского, где в качестве попечителя округа действовал «подражатель и карикатура Магницкого», по отзыву Греча, Д.П. Рунич и его помощник директор Педагогического института Д.А. Кавелин. Рунич также открыл поход против всех наук политических и философских. Он обвинил четырех самых «благонамереннейших» преподавателей (Галича, Германа, Раупаха и Арсеньева) в том, что они стремятся к «ниспровержению всех связей семейственных» и государственных, в том, что они предпочитают Канта — Христу, а Шеллинга — Духу Святому и т. д.
Преобразование Петербургского университета шло так успешно, что казанский ректор уже поздравлял «петербургскую обитель благочестия и просвещения», каковой сделался университет после удаления из преподавания «всех вредных доктрин». В университетах насаждаются всякого рода библейские сотоварищества, являвшиеся «во время всеобщего брожения» оплотом против безверия Вольтеров, Дидротов, Даламберов, против «лжемудрия германских и английских философов», против «лжесвятости и кощунства латинских папежников». Новое просвещение внедряется с таким успехом, что Магницкий, а вслед за ним и один из петербургских профессоров, могли с гордостью констатировать, что «развитие нечестия и опасность, грозившая цивилизации, общественному порядку и правительству, остановлены союзом, открывшим истинный свет». Но новая цивилизация такого рода, что Карамзину оставалось лишь скромно выражать надежду, что «Россия не погрязнет в невежестве».
К школьной борьбе против просвещения тесно примыкала и деятельность цензуры, направленной на устранение в книгах всего того, что, по мнению господствующего обскурантизма, подрывало основы веры и государства: «Благоразумная цензура, соединенная с утверждением народного воспитания на вере, по мнению Магницкого, есть единый оплот бездны, затопляющей Европу неверием и развратом». Легко себе представить, какие требования должна была предъявлять эта «благоразумная» цензура.
Цензура во все царствование Александра искореняла более или менее твердо «неверные мысли», которые определялись направлением правительственной политики в тот или иной момент.
В течение всего царствования и в особенности в 1813—14 гг. действовали черные кабинеты, занимавшиеся перлюстрацией частной переписки.
В 1812 г. Комитет министров разрешил брать из иностранных газет только известия «до России не касающиеся, а имеющие некоторую связь с нынешним нашим политическим положением заимствовать единственно из "С. Пет. Вед."», издаваемых под ближайшим надзором правительства. То был, правда, период войны. Но в действительности «у нас про домашнее всегда говорится не дома», — замечал кн. Вяземский по поводу статьи о семеновской истории в «Варш. Вед.».
Как всегда, цензура была непоследовательна, и, как всегда, при самых строгих «шлагбаумах мысли» в журналах подчас проходили статьи, не отвечавшие видам правительственной политики. И недаром Штейнгель в письме к императору Николаю впоследствии удивлялся, что цензура придиралась к слову «рок» и пропускала рылеевскую поэму «Исповедь Наливайки». Так бывает всегда.
В период так называемой реакции цензура довольно бдительно смотрела, однако, за тем, чтобы журналы не высказывали мнений, не подлежащих ведению журналистов, как выражался Алексей Разумовский по поводу напечатания в 1816 г. в «Духе журналов» отрывка из Бентама «О запрещении мануфактур».