Мирное решение франко-германского конфликта отнюдь не укрепило «Союза трех императоров». Последовавший вскоре восточный кризис наглядно подчеркнул данное обстоятельство. Однако прежде России пришлось заняться решением вопроса, который до сих пор не являлся центральным в ее внешнеполитической доктрине. Речь идет о ее отношениях с государствами Средней Азии. Они попали в круг ближайших российских интересов в середине XIX века, когда эти, по выражению Горчакова, «полудикие и бродячие» народы начали беспокоить Петербург постоянными набегами на русские территории и обложением данью подвластных России народов (киргизов). Кроме того, Зимний дворец беспокоило военное и политическое проникновение в регион Англии, которая после англо-афганской войны 1838-1842 годов вплотную приблизилась к среднеазиатским землям. К этому времени обычное противостояние России и Великобритании превратилось в решительную неприязнь друг к другу, и, кажется, личные отношения Александра Николаевича и Виктории сыграли здесь не последнюю роль. Во всяком случае от их былого романа юности теперь не осталось и следа.
Неспокойно было и в Лондоне, и в Петербурге. На Даунинг-стрит считали, что если русские дойдут до Мерва, то у них в руках будет ключ от Индии, на Дворцовой же площади заговорили о том, что «война с Англией за Азию неизбежна». Однако начавшиеся в 1853 году бои в Крыму заставили на время забыть о Ташкенте, Хиве и Бухаре. Пытаясь позже обеспечить мирное проникновение в среднеазиатские дела, русское правительство организовало три миссии в Хиву и Кашгар. Они позволили, с одной стороны, лучше понять внутреннее состояние государств Средней Азии, а с другой – воочию убедиться во все возрастающем влиянии здесь Англии.
Новый всплеск общественного внимания к этому региону пришелся на 1860-е годы. Политическое противостояние Англии и России, интересы отечественных предпринимателей, защита своих рубежей заставили правительство Александра II перейти к более решительным действиям на юго-востоке страны. Разраставшиеся или продолжавшие «округлять свои границы» Британская и Российская империи, в конце концов, должны были соприкоснуться и решить вопрос о границах между теми землями, на которые распространялось их влияние.
Летом 1864 года, в результате боев с Кокандом, удалось соединить Оренбургскую и Западносибирскую линии (линия – ряд укреплений, составлявших условную границу государства), и перед Петербургом во весь рост встал вопрос об установлении внятных отношений с государствами Средней Азии. Горчаков вместе с военным министром Д. Милютиным представили Александру Николаевичу резервную программу по среднеазиатской проблеме. В ней, в частности, говорилось: «Нам необходимо установить на вновь приобретенных пространствах прочную, неподвижную границу и придать оной значение настоящего государственного рубежа». Министры предлагали не вмешиваться во внутренние дела ханств, оказывая на них только «нравственное влияние». Трудно сказать, как местные ханы и беки отреагировали бы на исключительно нравственное влияние России, но в ход медленно развивающихся событий вмешался непредсказуемый генерал М. Г. Черняев.
Воспользовавшись тем, что в Ташкенте началось очередное восстание горожан против местного властителя, он в апреле 1865 года без всякого приказа из Петербурга двинулся к городу. Несмотря на численное превосходство противника (15 тысяч кокандцев против 2 тысяч русских), город был взят. Черняева газеты назвали «ташкентским львом», но недоумение официального Петербурга от этого не уменьшилось. Выражая общее настроение в «верхах», министр внутренних дел Валуев писал: «Ташкент взят Черняевым. Никто не знает почему и для чего». В течение года после взятия города на разных уровнях обсуждался вопрос о его статусе. Поначалу, опасаясь бурной реакции Англии и соседних среднеазиатских государств, Ташкент сделали вольным городом, но Гамбурга из него почему-то не получилось. В 1866 году его все-таки присоединили к империи, и Зимний дворец вздохнул свободнее, забыв о Черняеве, который оставался в Средней Азии вовсе не для того, чтобы почивать на лаврах.