Александр II провел другие важные перестановки среди наиболее приближенных лиц. Требовавшей внимания сферой было образование. Сбор информации, проведенный комиссией, специально созданной после покушении Каракозова, привел к заключению, что вся система университетского образования стала средством распространения революционных идей и что студенты придерживались опасных атеистических и материалистических воззрений; предъявляя требования, они более не относились с почтением к властям и грезили о свержении монархии. Ответственность за то опасное направление, в котором развивалась молодежь, была возложена на научных наставников и систему образования, а следовательно, и на политику в сфере образования, проводившуюся на протяжении ряда последних лет министром Головиным. Свободы, автономия, предоставленные университетам, как не уставали повторять консерваторы, превратили их в рассадник революционных идей. Констатация этого факта, сделанная следственной комиссией, вела к одному-единственному выводу: надлежало вернуть контроль над университетами, пересмотреть всю политику в сфере образования, и для проведения такого грандиозного дела требовался новый исполнитель. Головин был смещен со своего поста, а на его место Александр II назначил обер-прокурора Святейшего Синода, графа Дмитрия Толстого. Сделанный выбор был немаловажен в контексте общего поворота политического курса, поскольку Толстой был известен своим консервативным мировоззрением и оппозиционным отношением ко всем реформаторским начинаниям предшествовавших лет. Он занимал эту должность до 1880 г., и его политика безусловного отрицания всяческих свобод в сфере университетского образования имела своим следствием еще большую радикализацию настроений студентов, а также большой части профессуры.
«Эпоха Толстого» была для университетов и для системы образования в целом одним из наиболее злосчастных эпизодов в русской истории. Одно из самых ужасных деяний Толстого для интеллектуального будущего целого поколения проистекало из его представлений о желательном содержании учебных курсов. Развитию научных знаний, которые превозносились его предшественником, он ставил в вину формирование «материалистического и поверхностного» духа, свойственного молодому поколению. Чтобы это исправить, он в буквальном смысле «очистил» программы гимназических курсов от естественно-научных дисциплин и заменил их преподаванием истории и литературы, которое осуществлялось под строгим административным надзором. Зато упор был сделан на преподавание мертвых языков, грамматики и математики, признанных менее опасными. Преподавателям было приказано осуществлять неусыпный надзор за своими учениками и друг за другом, вплоть до того, чтобы «докладывать» в министерство о «вредных настроениях», которые грозили посеять смуту в коллективе. В университетах были введены аналогичные ограничения и тот же призыв сохранять моральную и политическую бдительность, прибегая к доносам. Студенты, подозреваемые в том, что они разделяют передовые идеи, исключались по результатам экзаменационной сессии. Благодаря деятельности министра Толстого между властью и молодым поколением на многие десятилетия пролегла пропасть. После тех усилий, которые были предприняты в первые годы царствования с целью обновить систему образования и освежить интеллектуальную атмосферу, эта реакционная политика явилась одним из наиболее очевидных и явных провалов царствования Александра II.
Другими назначенными в этот период деятелями консервативного толка являлись: граф Константин Пален, псковский губернатор, бывший центром притяжения консервативной аристократии и пришедший на смену либеральному министру юстиции Замятину, являясь до этого на протяжении года (1867–1868) его помощником, а на должность министра внутренних дел был назначен А. Тимашев — бывший шеф жандармов, протеже Шувалова, сменивший на этом посту Валуева, поставленного во главе Министерства государственных имуществ.