Поначалу в комиссии председательствовал один из неугомонных братьев Милютиных — Николай. Действительно, среди наиболее активных членов либерального лагеря были два брата Милютины: Николай, один из адептов отмены крепостного права, и Дмитрий, прославившийся на Кавказе, а затем на посту военного министра. Когда в апреле 1861 г. Николай, впавший в немилость, был назначен сенатором, председательство в комиссии перешло к Валуеву, который довел осуществление проекта до конца. Милютин, а затем Валуев — примечательно, что одни и те же люди руководили осуществлением почти всех реформ — разделяли, если говорить об управлении, одно убеждение: необходимо было привлечь общество к участию в управлении, но одновременно сохранить авторитет государства. Реформа должна была в конечном счете усилить авторитет государства, сделав его доступным именно потому, что общество занимало свою нишу в вертикали власти на местном уровне, где до тех пор государство представляла бюрократия.
Перед реформаторами стояли две проблемы. Прежде всего проблема соотношения сословий в органах местного управления, а стало быть, и пропорционального общественного представительства. Дебаты по этому вопросу были напряженными: дворянство намеревалось сохранить свой особый статус в местных собраниях, в то время как демократы хотели, чтобы те не имели сословных различий и представляли собой учреждения, воплощающие в себе единство общества. Компромисс касался одновременно и определения представительства, и способа его осуществления. Собрания должны были стать «соединением сословий», а не их слиянием. Каждое сословие должно было избирать своих представителей по отдельным куриям. И Валуев нашел формулу, позволявшую дворянству располагать большинством. Но самый острый конфликт разгорелся вокруг полномочий земства: должно ли оно быть самостоятельным или зависеть от бюрократии. Для тех, кто хотел сохранить централизацию, центральные министерства должны были оставить за собой контроль над новыми учреждениями; их оппоненты-реформаторы, напротив, хотели, чтобы самостоятельность земств была насыщена реальным содержанием и чтобы право выборных на местах самим вести свои дела никогда не ставилась под сомнение. С этим пересекались споры по поводу компетенции и полномочий новых учреждений. Не было согласия и относительно распределения задач между этими учреждениями и органами центральной власти.
Пока комиссию возглавлял Милютин, в ней преобладали либералы, когда же он был заменен Валуевым, сменившим Ланского на посту министра внутренних дел, определить соотношение сил стало труднее. Да, Валуев был убежден в необходимости создания новых структур, но, будучи министром внутренних дел, от думал прежде всего о сохранении центральной власти; он знал, как сложно иметь дело с местничеством и укоренившимися стереотипами; наконец, он подвергался давлению со стороны обиженного дворянства — разве не обездолила его уже отмена крепостного права? Разве не согласилось оно на потерю привилегий? Разве не должны были эти жертвы компенсироваться сохранением определенных прерогатив в области управления?
До тех пор, пока вопрос входил только в компетенцию комиссии, позиции оставались четко обозначенными. Но когда он был представлен на рассмотрение Государственного совета, и в обсуждение вступили новые участники, — братья Милютины, министр финансов Рейтерн, недолгое время прослуживший министром народного просвещения Ковалевский, барон Корф — возобладало стремление к компромиссу. Поскольку дебаты в Государственном совете продолжались весь 1863 г., император, терявший терпение, потребовал, чтобы к концу года документ был готов. 1 января 1864 г. положение о местных учреждениях было утверждено. Со времен Екатерины II это была самая важная административная реформа в истории империи.
Принятый документ был во многих отношениях компромиссом, отражающим позиции тех, кого можно было бы назвать «центристами» Валуева. Тому удалось трудное дело примирения необходимых изменений, требований своего министерства и дворянства, вплоть до требований Панина в обмен на его поддержку, с радикальными требованиями либералов. Документ воплощал в себе гибкость ума и уверенность министра. Оба лагеря больше всего ссорились по деликатному вопросу выбора председателя земского собрания. Кого выбирать и как? Являлось ли это прерогативой депутатов? Или же функции по назначению председателя переходили к предводителю дворянства? В конечном счете было принято второе решение, поскольку монарх склонил чашу весов именно в его пользу. Не менее жаркой была схватка по вопросу о компетенции земств. Либералы противились тому, чтобы Министерство внутренних дел контролировало деятельность земств, в то время как группа Валуева выступала за то, чтобы центру отдавался определенный приоритет. И вновь точку в споре поставил Александр II — за центральными инстанциями была сохранена часть властных полномочий.