Наиболее важной акцией, предпринятой Папой, стало издание буллы от 26 октября 1173 года, по которой братство тамплиеров в Иерусалиме подпало под исключительное покровительство Святого Престола и которая подробно представила привилегии, какими мог пользоваться орден. Они были похожи на свободы, дарованные госпитальерам Анастасием IV в 1154 году, и включали такие уступки, что встретило сопротивление епископов, в частности, право орденов отправлять священнодействия раз в год во время отлучения. Более того, в приходах, подконтрольных ордену, их должностные лица могли требовать определенного священника, после того как должным образом провели ходатайство епископу. Но если последний отказывался утвердить кандидатуру, они, тем не менее, могли сделать это самостоятельно. Это должно было привести, конечно, к почти полному пренебрежению обычной юрисдикции со стороны орденов.
Очевидно, что злоупотребления властью, так же как и привилегии, раздражали епископов. Уступка отправлять священнодействия раз в год была расширена за счет возможности его отправления один раз в церквях поочередно. Несомненно, что так же как и другие монашеские организации, ордена получили право сбора десятины. Миряне, которые периодически вносили вклады, становились товарищами орденов и могли пользоваться такими привилегиями, как погребение в освященном месте, несмотря на отлучение или смягчение наказания.
Все эти вопросы обсуждались на Третьем Латеранском Соборе, на котором Вильгельм Тирский произнес яркую речь. Но, возможно учитывая взгляды Александра, святые отцы приняли решение врачевать злоупотребления всех монашеских орденов, включая упомянутых выше, но не ограничивать уже существующие свободы.
Тамплиеры и госпитальеры не только вызвали враждебность белого духовенства, они также ссорились друг с другом. Александр воспользовался присутствием двух магистров на Третьем Латеранском Соборе, попытавшись помирить их. По-крайней мере он утвердил официальное соглашение между ними (2 августа 1179 год).
Хотя подобные вопросы, рассматривающие сферы полномочий, видимо, предполагали относительно стабильную ситуацию в церковном управлении, утверждение Римско-католической Церкви на Востоке представляло особую ситуацию. Ко времени Александра, на латинском Востоке многие священники родились там и приобрели особое отношение к окружающей среде, так же как их светские собратья. Одним из таких людей, например, был Вильгельм Тирский. Кроме того, латинское духовенство никогда не прерывало отношений с православными и местными иерархами. В Иерусалимском королевстве особенно, отношения между латинянами и православными, церковниками и мирянами, регулировались законом и в целом не отмечались большими столкновениями. Латиняне довольствовались разрешением служить литургии по восточному обряду и опускали доктринальные отличия. Последних же на самом деле было много. Большинство палестинских и сирийских христиан были монофизитами (яковитами), так же как большая часть армян. На Востоке также присутствовало значительное количество мелькитов, то есть исповедовавших ортодоксальную веру с восточными обрядами. Мелькитский патриарх Иерусалима скончался во время Первого крестового похода, и латиняне, очевидно, допускали, что его последователи примут западную юрисдикцию.
В северном княжестве Антиохия, с ее значительным греческим и сирийским населением, ситуация была иной. Византийское правительство всегда рассматривала Антиохию как территорию, принадлежащую Восточной империи. Более того, необходимость выпрашивать византийскую помощь заставляла князей Антиохии идти на уступки. Иоанну Комнину в 1141 году и Мануилу в 1159 году были оказаны царские почести в городе. Церковный аспект этой ситуации затрагивало обещание утвердить греческого патриарха, данное Мануилу в 1159 году. Когда между 1164 и 1167 годами в княжество наконец прибыл патриарх Афанасий, он встретил противодействие со стороны латинского ставленника, Эймара (1142-1196). Более того, последний нашел поддержку среди сирийского населения, которое только что выбрало (1166 год) своим патриархом известного хрониста Михаила Сирийца. Трудная ситуация разрешилась только с гибелью Афанасия при землетрясении 1170 года.