Наученный опытом разногласия, возникшего в результате оспоренных выборов в течение двадцати предшествующих лет, Собор Отцов направил свои первейшие усилия на провозглашение новых правил выборов Папы. В 1059 и 1139 годах вопрос о том, кто имел право принимать участие в таких выборах, был прояснен; он остался для дальнейшего рассмотрения на данном Соборе, чтобы выработать метод сведения в таблицу голосов кардиналов. Собор постановил использовать четкий количественный метод и совершенно отказаться от качественного метода. В связи с этим вопрос о различиях между «maior» и «sanior» частями электората уже не мог возникнуть. Все голоса с этого времени приобретали равный вес, невзирая на ранг кардиналов или тот факт, являлись ли они епископами, священниками или диаконами. Канон четко провозглашал: «Тот без исключения будет признан как понтифик вселенской Церкви, кто получит две трети голосов». Под угрозой отлучения, меньшинство выборщиков должно было принять выбор большинства. При этом нельзя обращаться ни к императору, ни к духовенству, ни к римскому народу.
В целом, Александр продолжил политику, которую вели его предшественники и которая свидетельствовала об уменьшении юрисдикции местных священников, в то же время защищая их обоснованные права. Установление равновесия являлось трудной задачей, но она особенно подходила характеру юриста. Исключая особое положение Константинополя, должность патриарха приобрела действительно почетное значение. Аквилея и Градо обладали этим титулом на Западе. На Востоке только Иерусалим и Антиохия находились тогда под западной юрисдикцией, причем власть над последней периодически оспаривалась Константинополем.
Аналогично, власть архиепископов, тех, которые занимали «первый» престол в стране, уже не являлась проблемой в дни Александра. Такая особая юрисдикция, какой обладал архиепископ, Бекет например, стоящая над другими епископами, устанавливалась только «властью Святого Престола». Митрополиты, однако, оставались по-прежнему ключевыми фигурами в иерархии, а их власть – обширной. При Александре архиепископская юрисдикция могла нормально функционировать только после папской конфирмации выборов и наделения паллием.
В отношении епископата в целом, частые приезды папских легатов обеспечивали довольно регулярное наблюдение за епископскими владениями. Обращения к Риму, так же как и более широкое использование судей-делегатов, неизбежно уменьшили юрисдикцию местных епископов, исполняющих обязанности судьи. Но если Папа ожидал от епископов, что они будут непоколебимы в своей лояльности к Церкви, то также и каноники соборов и приходские священники должны были подчиняться своим епископам. Александр утвердил существующие правила в отношении дисциплины в капитуле и власти архидиаконов.
Епископы избирались на местах, в связи с чем на ход выборов продолжали оказывать давление внешние силы. Фридрих Барбаросса и Генрих II, например, обычно заставляли всех священников почувствовать свое влияние. Что касается выборной процедуры, XVI и XVII каноны Третьего Латеранского Собора говорят о тенденции, следуя предшествующим папским выборам, толковать major et sanior pars как простое численное большинство. Чтобы быть избранным, кандидат должен быть не моложе 30 лет, законнорожденным, с хорошим характером и быть способным к наукам (канон III). Александр, как и его предшественники, иногда вмешивался в обсуждаемые выборы и в одном или двух случаях прямо назначал епископа сам, продолжая практику, которой суждено было стать более распространенной во времена его преемников. Также несколько примеров говорят о том, что Александр добивался выгодных себе назначений на более мелкий приход.
Исключительные обстоятельства, возникшие из схизматических назначений и посвящений в сан, также способствовали укреплению позиции Папы. Мы напомним, что данная проблема не была окончательно урегулирована в Венеции, где были приняты только меры в отношении определенных германских епископов. Латеранский Собор попытался привести вопрос к окончательному завершению. Канон II оговаривал, что все назначения, сделанные антипапами или прелатами, которых они посвятили в сан, должны были быть аннулированы. С другой стороны, следуя венецианским решениям, было установлено, что сан, дарованный епископами, которые были посвящены в сан до схизмы, или теми, кто получил свой сан от таковых, не должны были рассматриваться как недействительные. В решениях, принятых на Соборе, последнее слово оставалось за Александром, который даровал паллий германским архиепископам, отрекшимся от схизмы.