Но и с Верховным Советом 13-го созыва у А. Лукашенко возник очень серьезный конфликт. Многие решения и действия нового Верховного Совета противоречили его решениям и действиям. Конституция и законы нарушались с обеих сторон, и А. Лукашенко решил провести еще один референдум для изменения Конституции. В свою очередь Верховный Совет начал сбор подписей депутатов для проведения процедуры импичмента президенту. (Сложилась ситуация, примерно сходная с ситуацией в России в 1993-1996 гг.)
Этот конфликт нарушал стабильность и нормальную жизнь общества, уставшего от непрерывных политических баталий. Особенно решительно оппозиция выступала против подписания главой Республики первого договора о создании Сообщества Беларуси и России. Оппозиция демагогически объявляла это нарушением суверенитета страны. Хотя референдум 1995 г. явно и ясно одобрил курс на интеграцию с Россией, оппозиционеры надеялись изменить этот вектор на сближение с Евросоюзом. Именно проблема выбора главного геополитического союзника для Беларуси на ближайшие десятилетия была основной составляющей конфликта. Поскольку в России у власти стоял тогда Б. Ельцин, политика которого была противоречивой и во многих отношениях прозападной, это давало оппозиции надежду на поддержку, усиливало ее активность и агрессивность. Она провоцировала Лукашенко на репрессивные шаги, чтобы поднять в других странах волну сочувствия. Именно в том году проходили под руководством оппозиции самые большие демонстрации. Выступая на митинге, 3. Позняк призывал всех бороться против соглашения с «имперской Россией», а также «почтить память Джохара Дудаева». Такую оппозицию не мог поддержать даже Ельцин. Эта «горячая весна» протестов, в которую удалось втянуть немало молодых романтиков, кончилась поражением оппозиционеров, и Зенон Позняк эмигрировал.
Верховный Совет подготовил проект Конституции, в котором увеличивались полномочия парламента и сокращались полномочия президента. (В некоторых вариантах этого проекта пост президента вообще упразднялся.) Но начать дело в Конституционном суде по отрешению А. Лукашенко от власти оппозиции не удалось. Референдум был объявлен Всебелорусским народным собранием, на который собрались около 5 тыс. человек от всех регионов и местных властей страны. Параллельно ему оппозиция собрала 1,5-тысячный «Всебелорусский конгресс в защиту Конституции и против диктатуры». Однако этот раунд политической борьбы выиграл президент, и решение о проведении референдума состоялось.
По Конституции 1994 г. президент Беларуси не имел права распускать Верховный Совет и не имел влияния на работу Конституционного суда. Но молодое белорусское государство еще не созрело для полноценного разделения властей, а хаос многовластия мешал ее экономическому и демократическому развитию. Авторитет А. Лукашенко был высок, но против него выступали теперь не только оппоненты 1994 г., но и многие недавние соратники и союзники. Напряжение перед референдумом и во время его проведения было столь велико, что по согласию сторон в Минск прибыли посредники из Москвы - Виктор Черномырдин и спикеры обеих палат Геннадий Селезнев и Егор Строев. Они встали в основном на сторону Лукашенко, но выработанное при их участии совместное соглашение руководителей Беларуси подписали и спикер Верховного Совета Семен Шарецкий, и председатель Конституционного суда В. Тихиня. Радикалы негодовали, однако сделать ничего не могли.
Нет необходимости разбирать все те конфликты, которые вновь вспыхнули в Республике в октябре 1996 г. и сопровождались многочисленными митингами. Референдум, проведенный 24 ноября, подвел черту под всеми дискуссиями. Участие в референдуме приняли более 6 млн человек - 84,14% населения. Эта активность превышала все прежние аналогичные акции. По главному вопросу - о принятии измененного варианта Конституции Республики Беларусь - А. Лукашенко поддержали более 80% голосовавших и 70,5% от всего количества имевших на это право.
В новой редакции Конституции президент объявлялся руководителем государства, гарантом Конституции, прав и свобод человека и гражданина. Он стал обладать правом издания указов, имеющих нормативный характер.
Вместо однопалатного Верховного Совета был сформирован двухпалатный парламент, состоящий из Палаты представителей (110 депутатов, избираемых народом) и Совета Республики (по 8 человек от каждой области и г. Минска и 8 человек, назначаемых президентом). Но никаких выборов не проводилось. Из числа депутатов прежнего Верховного Совета был составлен и указом А. Лукашенко утвержден список из 110 человек, которые и составили Палату представителей. В список вошли наиболее лояльные Лукашенко депутаты. Одновременно специальным указом было принято решение (закон) «О прекращении полномочий Верховного Совета Республики Беларусь 13-го созыва».