Но, видимо, новгородцы не понимали, что война не кончилась невской победой и что наступление шведов лишь первое нападение Запада, за которым последуют другие. В попытках Св. Александра к усилению своей власти князя-предводителя рати они увидели прежнюю враждебную им княжескую суздальскую волю. Сама слава Св. Александра и любовь к нему народа делали его в глазах новгородских бояр ещё более опасным для новгородской вольности. Это непонимание страшного часа Руси вызвало у Св. Александра раздражение и досаду. На этой почве произошла распря, вызвавшая мятеж. Тогда Св. Александр поклонился Св. Софии и отъехал в Переяславль.
В этой распре правым оказался Св. Александр.
Ещё летом 1240 года, в то время как Св. Александр с новгородским ополчением отражал на Неве шведов, меченосцы вместе с медвежанами, юриевцами, велиадцами и князем Ярославом Владимировичем взяли Изборск — оплечье Пскова на западе, лежащий на взлобье высокого холма, над двумя озёрами, против литовских и ливонских лесов. Узнав о взятии своего пригорода, псковичи вышли всем городом под Изборск. Произошла злая сеча. Псковский воевода Гаврила Бориславлич был убит. Меченосцы погнали псковичей; многих убили, а многих захватили в плен. Гонясь за псковичами до самого города, они зажгли посад. Сгорели многие церкви. Меченосцы разграбили иконы и всю утварь церковную и опустошили сёла вокруг Пскова. Они простояли под Псковом неделю, города не взяли и, захвативши многих псковичей в плен, ушли. Но мира не наступило. В самом Пскове нашёлся перебежчик, Твердило Иванкович. Он захватил власть в городе и при поддержке меченосцев начал воевать новгородские сёла. Многие из псковских бояр, противившихся немцам, с своими семьями бежали из-под власти Твердила в Новгород.
Той же зимой, уже по отъезде Св. Александра, меченосцы опять пришли в новгородские владения Чудь и Водь, опустошили их, обложили данью и воздвигли город Копорье на самой Новгородской земле. Оттуда они взяли Тесово и подошли на 30 вёрст к Новгороду, избивая под дорогам новгородских гостей. На севере они дошли до Луги. В это время на новгородские рубежи напала Литва. Меченосцы, Чудь и литовцы рыскали по новгородским волостям, грабя жителей и отбирая лошадей и скот; предстоящей весной смердам нечем было пахать.
В этой беде новгородцы отправили к Ярославу Всеволодовичу послов с просьбой о князе. Но новгородцы не верили, что молодой князь выведет их из небывалых бед. Они снова послали к Ярославу архиепископа Спиридона с боярами, умоляя его отпустить на княжество Св. Александра.
Ярослав согласился. Зимой 1241 года Св. Александр после года отсутствия снова въехал в Новгород, и «рады быша новгородцы». Общие беды и невзгоды крепко связали Св. Александра с Новгородом. Через всё житие Св. Александра проходит любовь к буйному, часто непокорному Новгороду, несмотря на ссоры и разногласия, а иногда и открытую борьбу. Для Новгорода Св. Александр был одним из тех немногих князей, которых он любил и чтил, как своего князя. И эта любовь, скрывавшаяся подчас за недовольством и ропотом веча, как свеча, горящая под нагаром, иногда вдруг вспыхивала и горела ярким светом. Так было в дни тяжкой болезни Св. Александра, так было и в дни надвигавшейся общерусской беды.
Св. Александр, приехав в Новгород, застал его сумрачным и примолкшим. Вечевой колокол смолк и распри временно утихли. Спешно строились укрепления, стягивались ополчения и церкви наполнялись молящимися.
По приезде Св. Александр собрал ополчение из новгородцев, ладожан, корельцев и ижорян, напал на воздвигнутое на Новгородской земле Копорье, разрушил город до основания, перебил многих меченосцев, многих увёл в плен, других отпустил — «бе милостив паче меры», — а перебежчиков вожан и чудь велел казнить.
В ответ на это нападение орденские братья, несмотря на зимнее время, напали на Псков и, разбив псковичан, посадили в город своих наместников.
Услышав об этом, Св. Александр «велми оскорбе за кровь християньскую и, не умедлив нимало, но разгоревся духом и своею ревностью по Святей Троице и по Святей Софии, и поим с собою брата своего и вся воа своя, и прииде к Новугороду и поклонися святей Софии с молбою и плачемь».
Во главе новгородского и низового войска Св. Александр с братом Андреем пошёл на орден. По дороге он взял приступом Псков и орденских наместников отослал закованными в Новгород. Из-под Пскова он двинулся дальше и вошёл во владения ордена.
Вступив в орденские земли, Св. Александр пустил полки в зажития. Меченосцы напали на передовой полк новгородцев и изрубили его. Домаш Твердиславович, брат новгородского посадника, «муж добр», был убит. Из всего полка лишь немногие успели убежать к своему князю.