С 28 октября по 8 ноября 1919 г. в Омске грузился специальный поезд из 40 вагонов. Из общего состава золотого запаса России (на июнь 1918 г. — 501 233 кг золота в монетах и слитках, 32 800 кг золота и серебра разного вида) на сумму 645 256 387 руб. осталось ценностей на сумму 408 189 912 рублей. Отказался от первоначальной мысли, что это золото как народное достояние должно остаться нетронутым до созыва Учредительного собрания, Колчак еще весной 1919 года. В мае началась продажа золота для покрытия расходов на военное снаряжение Сибирской армии. Кроме того, потребовалась отправка золота в Гонконг как непременное условие открытия кредита омскому правительству англо- американским синдикатом. Всего было отправлено из Омска во Владивосток 217 038 кг золота на общую сумму 279 508 835 руб., из которых 184 238 кг прибыли по назначению, а 32 800 кг были захвачены атаманом Г. М. Семеновым и задержаны в Чите.
Поезда Верховного, обозначенные буквами А, В, С, Д, Е, а также блиндированный поезд покинули Омск днем 12 ноября. К 15 ноября город был освобожден Красной Армией. Колчак ехал в поезде В; в А, С, Д, Е находились его генштаб, канцелярия и охрана. На станции Татарской поезд В столкнулся с составом, перевозившим золото. Произошел пожар, уничтоживший 8 вагонов. Несколько ящиков с золотом пропали. После перегрузки золота в другие вагоны поезд прибыл в Новониколаевск, где оставался до 4 декабря. Только под давлением генерала Я. Сыровы Колчак смог получить от белочехов 4 паровоза (из 7 требуемых), но вследствие загруженности Транссибирской магистрали лишь два поезда — в одном находился адмирал, а другой перевозил золото, — достигли 27 декабря Нижне-Удинска.
Еще в ноябре Жанен записал: "Колчак похудел, подурнел, взглядом угрюм и весь он, как кажется, находится в состоянии крайнего нервного напряжения. Он спазматически прерывает речь. Слегка вытянув шею, откидывает голову назад и в таком положении застывает, закрыв глаза"[80]. По-видимому, Колчак предвидел свой крах, назначая атамана Семенова главнокомандующим войсками Дальнего Востока и Иркутского военного округа и подписывая 6 января 1920 г. приказ о сложении с себя звания Верховного правителя с передачей его Деникину. Тогда же он отдал для сохранения подполковнику А. Н. Апушкину рукописный "дневник-письма" к А. В. Тимиревой (частично опубликован в "Морском сборнике", 1990, №№ 9,10).
Простояв около двух недель в Нижне-Удинске, Колчак получает уведомление Жанена о готовности союзников предоставить ему для дальнейшего передвижения один вагон без конвоя. Потрясенный адмирал на протестующую телеграмму не получил ответа и согласился на предложенное. После шестидневного путешествия под пятью союзными флагами, 15 января 1920 г. на ст. Иннокентьевской он был арестован чехами и вместе с Пепеляевым передан эсеро-меньшевистскому Политическому центру. А последний передал арестованных вместе со своей властью Иркутскому ВРК во главе с А. А. Ширямовым.
21 января 1920 г. Чрезвычайная следственная комиссия в Иркутске приступила к допросам бывшего Верховного правителя. После следствия предполагалась отправка его в Москву. Давая показания, Колчак догадывался о своей участи, но старался как можно меньше давать материала для обвинения лиц из своего окружения. Держался он как "военнопленный командир проигравшей кампанию армии"[81].
В архиве Троцкого (США) хранится шифрованная телеграмма Ленина заместителю председателя Реввоенсовета Республики Э. М. Склянскому: "Пошлите Смирнову (РВС-5) шифровку: (шифром). Не распространяйте никаких вестей о Колчаке, не печатайте ровно ничего, а после занятия нами Иркутска пришлите строго официальную телеграмму с разъяснениями, что местные власти до нашего прихода поступили так под влиянием угрозы Каппеля и опасности белогвардейских заговоров в Иркутске. Ленин. Подпись тоже шифром. Беретесь ли сделать архинадежно?" Председатель Сибревкома И. Н. Смирнов телеграфировал Ленину и Троцкому: "Сегодня ночью дал по радио приказ Иркутскому штабу коммунистов (с курьером подтвердил его), чтобы Колчака в случае опасности вывезли на север от Иркутска, если не удастся спасти его от чехов, то расстрелять в тюрьме". И отдал приказ Исполкому Иркутского Совета: "Ввиду движения каппелевских отрядов на Иркутск и неустойчивого положения Советской власти в Иркутске, настоящим приказываю вам находящихся в заключении у вас адмирала Колчака, председателя Совета министров Пепеляева с получением сего немедленно расстрелять. Об исполнении доложить"[82].