Еще по прибытии в Якутск Колчак узнал о начале русско-японской войны, в которой морской флот призван был сыграть особую роль. Эта война явилась результатом противоречий между Россией и Японией в Северо-Восточном Китае и Корее, борьбой за сферы влияния на Дальнем Востоке вообще. Эти противоречия подогревались западными странами. Они не хотели дальнейшего усиления России и, в сущности, поощряли японское правительство на военные действия против нее. Война началась внезапным нападением японского флота в ночь на 27 января 1904 г. на русскую эскадру в Порт-Артуре. Продолжалась война до лета 1905 г. По телеграфу 28 января 1904 г. Колчак обратился к президенту Академии наук Великому князю Константину Константиновичу с просьбой отчислить его в силу чрезвычайных обстоятельств от Академии и передать в военно-морское ведомство. Просьба его после некоторых колебаний была удовлетворена. Получив весть о благоприятном решении вопроса, Колчак стал срочно готовиться к поездке в Порт-Артур, куда ему было приказано явиться.
В самом начале марта он выступил с докладом на общем собрании Восточно-Сибирского отдела Императорского географического общества.
В дни подготовки к отъезду в Порт-Артур Александр Васильевич Колчак сочетается браком со своей невестой Софьей Федоровной Омировой.
Софья Федоровна родилась в Каменец-Подольске в 1876 г., т. е. двумя годами позже своего жениха. Как писал сын Александра Васильевича и Софьи Федоровны — Ростислав, его мать была «сложной крови».
Отец ее, которого Колчак лично не знал, происходил из семьи священника и был действи-тельным тайным советником — гражданским генералом. В Каменец-Подольске он служил начальником Казенной Палаты — крупным чиновником. Умер он еще не будучи старым, в ожидании назначения на пост губернатора Подольской губернии, которой фактически уже управлял.
Мать Софьи Федоровны была дочерью генерал-майора, директора Лесного института Ф. А. Каменского. Среди их предков числились обер-гофмейстер барон К. В. Миних, брат вельможи генерал-фельдмаршала графа Б.-Х. А. Миниха и генерал-аншеф М. В. Берг — выходцы из Германии. Софья воспитывалась в Смольном институте, была весьма образованной девушкой, знала семь языков, из которых французский, английский и немецкий превосходно. Волевая, с независимым характером. Возможно, это в дальнейшем и сказалось на ее отношениях с мужем.
По договоренности с Колчаком они должны были пожениться после его возвращения из первой экспедиции, длившейся несколько лет. Но задуманное пришлось отложить до окончания второй экспедиции. С. Ф. Омирова приехала с острова Капри, из Италии, в Петербург, а оттуда с отцом Колчака Василием Ивановичем добралась в Иркутск. Оттуда она, как рассказывала сыну, на оленях и собаках отправилась навстречу жениху в Устьянск, к Ледовитому океану. Вместе вернулись в Иркутск (по другим версиям, встретились лишь в Иркутске). В Госархиве Иркутской губернии (в фонде духовной консистории Градо-Иркутской Михайло-Архангельской (Харлампиевской) церкви сохранилась запись о бракосочетании 5 марта 1904 г. А. В. Колчака с Софьей Омировой. Читаем: «Звание, имя, фамилия, отчество и вероисповедание жениха, и который брак» — «Лейтенант флота Александр Васильев Колчак, православный, первым браком, 29 лет»; «Звание, имя, отчество, фамилия и вероисповедание невесты, который брак» — «Дочь Действительного Статского советника, потомственная дворянка Подольской губернии София Федоровна Омирова, православная, первым браком, 27 лет». Далее значится: «Кто совершил таинство: — Протоиерей Измаил Ионнов Соколов с диаконом Василием Петелиным. Кто были поручители: — По жениху: генерал-майор Василий Иванович Колчак и боцман Русской полярной экспедиции, шхуны „Заря“ Никифор Алексеевич Бегичев. По невесте: подпоручик Иркутского Сибирского пехотного полка Иван Иванович Желейщиков и прапорщик Енисейского сибирского пехотного полка Владимир Яковлевич Толмачев.
Подписи: Протоиерей Измаил Соколов Диакон Василий Петелин».
Молодая жена со свекром отправилась в Петербург, а ее муж 11 марта — в Порт-Артур.
По прибытии туда во второй половине марта 1904 г. лейтенант А. В. Колчак явился к вице-адмиралу С. О. Макарову, командующему флотом, и попросил назначения на наиболее боевую должность, на миноносец. Но адмирал счел необходимым, учитывая состояние здоровья Колчака, измотанного двумя экспедициями, назначить его на крейсер 1-го ранга «Аскольд». Через несколько дней после встречи с Макаровым, 31 марта, Колчак явился свидетелем его гибели на подорванном и затонувшем флагманском корабле — эскадренном броненосце «Петропавловск». Адмирала С. О. Макарова А. В. Колчак считал своим учителем. Познакомился он и с капитаном 2-го ранга Н. О. Эссеном, под началом которого в дальнейшем довелось служить и многому учиться.