После того как Дарий в спешке покинул поле еще кипевшей битвы, войско его рассеялось и разбежалось по провинциям, откуда оно происходило, как обычно и получалось в те времена после разгрома. Те, кто командовал гарнизонами и отвечал за сохранность сокровищ империи в столичных городах, с готовностью покорились Александру. Мазей сдал Вавилон вместе с
Но победа досталась македонцам, и могучая Персия зашаталась. Вавилон не тщился надеждами на организацию сопротивления, как и Сузы, а потому в стремлении избежать резни и разграбления они с покорностью приняли победителя. И в Сузах снова побежденный сатрап Абулит сохранил должность и получил разрешение править от имени Александра с македонским гарнизоном в крепости. Поскольку Дарий все еще оставался на свободе, Александр не мог сидеть сложа руки. Он реформировал и усилил войска и его командные структуры. Подкрепления продолжали поступать, а «армия — мстительница за Грецию» тем временем приближалась к окончательной точке — Персеполю.
Сатрап Персиды Ариобарзан собрал немалое войско и с 25 000 защитниками запер так называемые Персидские ворота в горах Загрос в попытке задержать македонцев до того, как удастся вывезти из Персеполя казну. Фактически перед Ариобарзаном находилась лишь часть македонских войск — самые тихоходные отряды с обозом под командованием Пармениона шагали в Персию так называемым Царским путем. Сам же Александр повел более подвижные контингенты через горы к Персидским воротам. Дело происходило в январе, и на земле лежал снег. Первая попытка прорваться через проход, судя по всему, закончилась едва ли не катастрофично — македонцам пришлось даже бросить без погребения мертвых. Тогда Александр решил обойти позиции сатрапа. Македонцы отважно двинулись по очень трудной местности в зимнем снегу и, возглавляемые проводниками из пленников, вышли в тыл войску Ариобарзана. Воины Ариобарзана очутились в окружении и подверглись беспощадной резне, в результате чего завоевателю оказалось не так уж сложно перейти Араке, после чего Тиридат покорно сдал македонцам Персеполь вместе со всеми находившимися там сокровищами.
Символическая важность овладения Персеполем — само по себе греческое название Персеполь, или «Город персов», прочно ассоциировалось с Ксерксом и Великим вторжением — диктовала исход — захват города и его судьбу. Она оказалась весьма печальной и совсем не похожей на участь Вавилона и Суз — за взятием Персеполя последовали дикие победные вакханалии, разграбление, изнасилования и резня. Дворец также пал жертвой ярости победителя, но не раньше чем оттуда изъяли казну и отправили ее в Экбатаны. Затем намеренно — из спонтанного импульса отомстить — или все же вследствие случайности великолепное строение подожгли, и оно запылало. В соответствии с одной версией событий, виновницей пожара выступала некая афинская куртизанка, Тайс (иначе Фаида), которая стала любовницей Птолемея, позднее царя Египта.