Возвратившись в Мемфис, завоеватель реорганизовал систему политического управления в Египте, заменив персидских чиновников египтянами, однако при этом оставил в Пелузии и в Мемфисе гарнизоны под командованием македонских офицеров. Тем временем к Александру прибыли скромные пополнения из региона Эгейского моря — 400 греческих наемников от Антипатра и еще 500 фракийских конников. Гегелох, победоносный командир Александра в северо-восточных районах Эгейского моря, тоже явился в Египет, привезя с собой пленников, хотя самый ценный — захваченный на Хиосе персидский флотоводец Фарнабаз — сумел сбежать по дороге.
Когда Александр возвратился в Тир после продолжительного пребывания в Египте, ему донесли о серьезных волнениях на Пелопоннесе. Там спартанский царь Агис III, начавший сноситься с персидскими вожаками в Эгейском регионе вскоре после ухода Александра из Европы, бросил наконец открытый вызов македонской власти. Проявив отважную решимость, он одолел войско Коррага, вынудив таким образом самого Антипатра вести армию на юг. Силы Агиса нельзя назвать нестоящими — он собрал 22 000 человек из ближайших государств Элиды, Аркадии и Ахейи и с ними приступил к осаде Мегаполя. Антипатр же занимался тогда делами во Фракии, где тамошний военный губернатор Мемнон поднял самый настоящий мятеж. Однако Мемнон и Антипатр сумели быстро договориться, что высвободило войска последнего и дало ему возможность отбить охоту бунтовать у греков. Кроме того, тот факт, что Мемнон недавно посылал подкрепления Александру на Восток, объясняет известную мягкость в отношении к нему царя, который, возможно, посчитал резонным не расценивать действия Мемнона как предательские.