Важно подчеркнуть, что пьянство Александра, в устах такого хулителя, как Эфипп из Олинфа, не исключало его сексуальной развращенности. В юности он отличался сдержанностью, о чем свидетельствует замечание Плутарха: «Александр говорил, что сон и близость с женщиной более всего другого заставляют его ощущать себя смертным, так как утомление и сладострастие проистекают от одной и той же слабости человеческой природы». Личные отношения Александра — будь то любовные или товарищеские — казались ему священными: дружба, длившаяся всю жизнь с Гефеста оном, до сих пор является предметом споров и подозрений.
Гефестион был Патроклом Александра-Ахилла. Несомненно, они были очень близки: после сражения при Иссе Александр представил Гефестиона плененной матери Дария как «другого Александра». Был ли Гефестион любовником Александра или другом, доподлинно неизвестно. Тем не менее Гефестион пользовался такими привилегиями, что Олимпиада ревновала к нему Александра и в письмах к сыну обрушивалась на него с нападками. Александр показал эти письма Гефестиону и разрешил ему написать в ответ язвительное предупреждение: «Прекрати ссориться с нами, не злись и не угрожай. Если будешь настаивать, мы будем очень недовольны. Ты должна понять, что Александр значит для нас больше, чем кто-либо на свете». Диодор не говорит нам о реакции Олимпиады на это письмо, но можно вообразить, какова была ее ярость. Диодор говорит, что Александр любил Гефестиона больше других: «Всю свою жизнь Александр предпочитал Гефестиона всем остальным».
Возможно, что у Александра были гомосексуальные отношения с персидским евнухом Багоем, бывшем прежде приближенным Дария. Александра физически тянуло к нему, поэтому евнух мог использовать свое влияние во вред даже невинным людям. К сексуальной ориентации Александра следует относиться со скидкой на время. В Древней Македонии разница между гомосексуальной и гетеросексуальной любовью была не столь явно очерчена, а отношение Александра к сексу было довольно прагматично. Диодор сообщает, что прежде, чем отправиться в Азию, военачальник Парменион настоял на том, чтобы Александр защитил свое престолонаследие, женившись и родив сына. Александр сухо ответил, что у него просто нет времени на женитьбу, оседлую жизнь и ожидание рождения наследника. Будучи воспитанным властной Олимпиадой, Александр, конечно же, выказывал большое уважение женщинам. К женщинам Дария он относился с большим почтением и присвоил титул «матери» и жене Дария, и Аде, царице Карии. Александру очень нравилась интимная близость с женщинами, в том числе и с афинской куртизанкой Таис. Он влюбился в Барсину, вдову своего недруга, греческого полководца Мемнона из Родоса, после того как ее захватили в плен возле Дамаска. Случилось это после его великой победы при Иссе (333 г. до н. э.). Бар-синя родила Александру сына Геракла, который не имел статуса наследника престола.
В начале весны 327 года до н. э. Александр женился на Роксане («Маленькой звезде»), дочери персидского сатрапа Оксиарта. Незадолго до смерти Александра она забеременела и впоследствии родила мальчика (Александра IV). В 324 году до н. э., когда Александр призывал своих военачальников брать в жены персиянок, он и сам женился на двух: дочерях Дария и Артаксеркса, предшественника Дария. Александр унаследовал гарем Дария, по словам Диодора, числом не менее дней в году, составленный из выдающихся своей красотой женщин, собранных из всех стран Азии. Каждый вечер они проходили перед ложем царя, чтобы он мог выбрать себе одну из них для ночных утех.
Александр довольно умеренно пользовался такой возможностью. Плутарх высказывается о сексуальных пристрастиях Александра: