Вдвоем им удалось вскочить в поезд, а их путешествие, по крайней мере поначалу, напоминало Александре ее апрельское триумфальное возвращение в столицу после того, как она выехала навстречу Ленину. Однако в июле все обстояло иначе, поскольку между непростым отъездом из Швеции и возвращением на родину прошло три дня, в течение которых Временное правительство сумело восстановить свои позиции. Войска сохранили верность правительству, которое возглавил Керенский. Он силился навести порядок и попытался избавиться от большевиков. Чтобы добиться своего, он объявил РСДРП вне закона, предал огласке «дело о германских деньгах» и обнародовал письма причастных к нему — Ленина, Парвуса, Ганецкого и Коллонтай.
«Позорные деньги», о которых твердил Керенский, незадолго до этого попали в Россию через Швецию, где в тот момент находились основные фигуранты дела, а именно Ганецкий, Парвус, игравший второстепенную роль, и Коллонтай. Для шведской прессы эта история послужила еще и доказательством того, что Коллонтай являлась «германским агентом», шпионом. Был отдан приказ об ее аресте наряду с Зоей, произведенном, когда их поезд оказался на границе. В Петрограде весть о германских деньгах, о «государственной измене» разнеслась со скоростью звука. Среди деятелей, отданных на съедение возмущенной общественности, Ленин и Коллонтай оказались в первых рядах, поскольку их знали лучше остальных.
После пребывания в Финляндии Ленин, ненадолго возвратившийся в Петроград для участия в событиях, сумел бежать в компании с Зиновьевым, как только разразился скандал. Дыбенко был арестован. Александру и Зою доставили под конвоем в Петроград и заключили под стражу. Совсем скоро выяснилось, что Зоя непричастна к делу о германских деньгах, и ее освободили. Александру же посадили в тюрьму «Кресты», а затем перевели в женскую тюрьму в Выборге. В Крестах она встретила большевиков, которые, в отличие от Ленина, не сумели раствориться в воздухе: Дыбенко, Троцкого, Луначарского, Раскольникова, Ганецкого. Одних обвинили в заговоре против Временного правительства, как в случае с Дыбенко и Каменевым, против других выдвинули обвинения, гораздо более серьезные в глазах общества, — в причастности к делу о германских деньгах, а значит, в государственной измене.
Арестованная, посаженная в тюрьму по позорящему ее обвинению, Коллонтай именно тогда достигла таких высот, о которых никогда раньше не мечтала. Прежде всего в РСДРП(б), которая приняла в отношении Коллонтай решение на своем VI съезде, проходившем при странных обстоятельствах, поскольку партийные руководители, составлявшие костяк президиума (Ленин, Зиновьев, Каменев, Троцкий, Луначарский и Коллонтай), отсутствовали, находились в бегах или в тюрьме. Когда пришло время избирать Центральный комитет, присутствовавшие ввели в его состав отсутствовавших, в числе которых оказалась и Коллонтай. Это был триумф для нее, хотя она и не могла им насладиться в тюремной камере.
Но участь Коллонтай выпала не столь ужасная, как она могла опасаться. Прежде всего потому, что режим содержания в женской тюрьме был не особенно строгим, отношение к заключенным щадящим, и Александру могли навещать близкие — Миша и даже Зоя. Александра страдала от того, что ее держали взаперти, в стороне от событий. Кроме того, ее стала беспокоить болезнь сердца, которая до конца жизни будет омрачать ее существование. 21 августа, после семинедельного заключения, Александра, проснувшись, узнала новость, наполнившую ее радостью: она свободна. Ей сказали, что залог за нее внес Максим Горький.
Вместе с Зоей она поселилась в квартире, в которой Владимир Коллонтай и его вторая жена Мария Ипатьевна раньше жили вместе с Мишей. Владимир умер в тот самый момент, когда Александра возвратилась в Россию, но его вдова, женщина благородная, открыла двери своего дома Александре, предложила ей кров и дружбу, а подлинное уважение друг к другу сблизило двух женщин. Александра была признательна той, что заняла ее место подле Владимира, за внимание и любовь, которыми она окружила Мишу. И по глубоко укоренившейся традиции Зоя Шадурская, поселившись в квартире Коллонтаев, дополнила собой новую семью.
«Известия» 22 августа сообщили об освобождении Александры как о «сенсационной новости» дня. Возмущенный этим Керенский распорядился, чтобы Коллонтай поместили под домашний арест и держали под надежной охраной. Содержание под стражей в собственном доме было точно предпочтительнее тюремного заключения, тем не менее, обрекая Александру на такую участь, Керенский вызвал настоящий скандал, в котором пресса встала на сторону Коллонтай. Горький, который ранее внес залог за освобождение Александры, выразил негодование, а Троцкий в своих выступлениях критиковал неумолимость Керенского. Поднялся такой шум, что главе Временного правительства пришлось отменить свое решение. 9 сентября Коллонтай окончательно вышла на свободу, и для нее это означало, что она могла заняться подготовкой революции. Поскольку политическая обстановка неуклонно ухудшалась.