Коллонтай не застала в своем комиссариате (именно так теперь назывались государственные учреждения) никого, за исключением охранника, который, невзирая на ее объяснения, попросил ее удалиться. Ей пришлось возвращаться к себе. Едва она оказалась дома, как к ней явился крестьянин с запиской, подписанной Лениным. Этот крестьянин требовал платы за лошадь, конфискованную для армейских нужд, и Ленин поручил Коллонтай ответить на ходатайство. За неимением средств она решила поселиться в Смольном, где заняла пустовавшую комнату и повесила на дверь табличку с надписью «Народный комиссариат государственного призрения».
С этого момента она была вынуждена иметь дело с нескончаемой чередой просителей, инвалидов войны, матерей, не имевших возможности прокормить своих детей, безработных. Кроме того, государственные служащие бастовали и бойкотировали новые власти. Американка Луиза Брайант, супруга Джона Рида, сопровождавшая его в поездке в Россию, во всех подробностях расписала серьезные трудности, с которыми столкнулась тогда Коллонтай. Таковыми являлись в том числе уважение к личности графини Паниной и ее популярность в народе. Во время суда над графиней многочисленные крестьяне, проживавшие на землях, ранее принадлежавших помещикам, приехали в столицу, буквально осадили здание суда и выкрикивали: «Освободите нашу графиню! Она была добра к народу!»
Приложив немалые усилия, Коллонтай добилась возврата ведомственных средств и смогла приступить к исполнению многочисленных задач, вытекавших из ее должностных обязанностей. Но прежде всего ей требовалось вернуть на рабочие места служащих, а значит, разобраться с забастовщиками. Она прибегла к помощи матросов Дыбенко, которые сумели убедить большинство бастовавших возвратиться в комиссариат и взяться за работу, а тех, кто упорствовал, препроводили в тюрьму.
Александра Коллонтай считала защиту матерей и детей одной из ключевых задач вверенного ей ведомства. С разработкой практических мер (и публикацией соответствующих текстов) ей помог выдающийся медик — доктор Николай Короленко. Он оказал содействие в устройстве образцового родильного дома, получившего название «Дворец защиты материнства». Это заведение разместили в здании бывшего сиротского приюта, учрежденного в правление Екатерины Великой, где в течение двух столетий дети, как правило незаконнорожденные, находились на попечении у частных благотворителей. Приютом долгое время руководил один аристократ, который настроил работавших в приюте женщин против проекта Коллонтай. Коллонтай обратилась к Ленину за помощью, но тот, будучи сильно занят, не озаботился этим вопросом. Однажды ночью строившийся Дворец защиты материнства охватил пожар, полностью уничтоживший здание, к великой радости бывшего управляющего и его сотрудниц, которые приговаривали: «Господь покарал это предприятие, начатое по навету антихриста». Разве не Коллонтай распорядилась снять иконы, украшавшие стены сиротского приюта?
И снова Александра призвала на помощь Дыбенко. Его матросы тщетно старались локализовать пожар. Как и Короленко, Дыбенко был уверен, что причиной пожара явился чей-то преступный умысел. Однако проведенное им расследование уперлось в тупик. И Коллонтай пришлось смириться с утратой Дворца защиты материнства, которым она так гордилась.
Впрочем, еще один срочный проект требовал ее внимания. Петроградский совет настоятельно требовал, чтобы комиссариат взял на себя заботу о раненных в бою солдатах. И где же их разместить? Кто-то нашел чудесное решение, ведь религиозное давление в ту пору ослабло: почему бы не использовать для этой цели Александро-Невскую лавру, огромную, великолепную и полупустую? Правда, это было место паломничества, почитаемое всеми русскими.
Поначалу Александра Коллонтай попыталась прийти к согласию с духовенством, которое осталось глухо к ее призывам. С другой стороны, Коллонтай испытывала давление со стороны самих раненых, которые организовали нечто вроде профсоюза, а также некоторых из ее друзей. Все советовали ей воспользоваться своими комиссарскими полномочиями и завладеть территорией лавры. Она последовала совету и отправила вооруженных людей, чтобы подавить сопротивление духовенства. Стычка вышла столь ожесточенной, что Коллонтай, как всегда, воззвала к Дыбенко и его матросам. Итог вторжения получился катастрофическим, один представитель духовенства был убит, а Александру осудил Ленин, упрекнув в том, что она действовала, не посоветовавшись с Совнаркомом, который, узнав о произошедшем, возложил всю вину на Коллонтай. Тогда решили отказаться от этого плана и оставить монахов в покое.
Удостоверение члена Петроградского совета рабочих и солдатских депутатов на имя А. М. Коллонтай. 1917. [РГАСПИ. Ф. 134. Оп. 1. Д. 4. Л. 6]
Александра Коллонтай испытала разочарование, но предпочла сохранить лицо. Впоследствии она скажет, что это несостоявшееся противостояние имело положительные последствия, поскольку подтолкнуло Совнарком к отделению церкви от государства раньше, чем можно было предвидеть.