Увеличил Швертфегер и количество угловых башен — от одной у Трезини до четырех. По новому проекту предполагалось также создать итальянский регулярный парк с каналами и радиально расходящимися аллеями от главного въезда на территорию монастыря с западной стороны, судоходный канал и рыболовный пруд — с восточной. Однако общая идея ансамбля, принадлежащая Трезини, осталась та же. Лишь собор в центре ступенчатых корпусов стал по проекту иным. Исправив погрешность Трезини и развернув собор на сто восемьдесят градусов, Швертфегер спроектировал его заново, целиком изменив внешний облик. Графическая четкость и стройность силуэта трезиниевского здания сменилась монументальностью форм, усложненностью объемов двухбашенной колокольни и высокого купола, поднявшихся над крестообразным в плане трехнефным собором.
После разработки нового проекта, утвержденного Петром I, Трезини полностью отошел от строительства монастыря. К этому времени были завершены основные строительные работы по возведению всех трех уступов Духовского корпуса и Благовещенской (нижней) церкви. Достраивал здания и руководил работами уже Швертфегер. 30 августа 1724 года в присутствии Петра I состоялась торжественная церемония освящения верхней церкви «во имя Александра Невского», и в тот же день в ней была установлена привезенная ранее из Рождественского монастыря, что во Владимире на Клязьме, гробница с прахом Александра Ярославича[6].
Здание двойной Благовещенской-Александро-Невской церкви — первое по времени каменное сооружение ансамбля, один из самых характерных памятников петербургской архитектуры начала XVIII века. Прямоугольное в плане, двухэтажное, с двухсветным верхним этажом и высокой голландской с переломом кровлей, оно отличается простотой, практицизмом и универсальностью. Только восьмигранная деревянная башня с высоким, обитым железом и по нему крашеным куполом и лантернином — фонариком под малым граненым медным куполком с крестом — заставляет увидеть в ее облике культовое сооружение. Почти полностью сохранился (там, где он не был сбит при позднейших пристройках) декор фасадов и башни. Нижний этаж рустован, что придает всему зданию монументальность, устойчивость. Верхний — членен межоконными пилястрами, подчеркивающими его высоту и легкость. По рисункам Трезини резаны в белом камне сочные ионические капители, лепнина и маскароны в наличниках двух ярусов окон второго этажа. Особенно хорошо сохранился северный фасад с алебастровым рельефом вазы в лучковом фронтоне. Грани купольной башни украшены дубовыми пилястрами с резными капителями, кронштейнами фонарика и головками ангелов вокруг малого купола.
До 1760-х годов здание не имело той великолепно декорированной и значительной по размерам пристройки, сооруженной вместо скромного каменного крыльца главного входа, которая сейчас скрывает целиком западный фасад. Оно было проще и строже. Эта простота сказывалась и в планировке интерьеров двух просторных помещений первого и второго этажей с четырьмя опорными колоннами в каждом: более массивными — в нижнем и легкими, стройными и высокими — в верхнем. Первоначальное убранство интерьеров — деревянная и каменная резьба, а также росписи (потолочные, стенные и в куполе), созданные по рисункам и указаниям Трезини и Швертфегера мастерами, среди которых были живописцы И. Никитин, И. Одольский, И. Вишняков, резчики Ф. Чижиков, П. Сакульский и другие, были заменены во второй половине XVIII века. Не сохранился до наших дней каменный иконостас и позднейшее убранство.
В конце XVIII столетия у южной стены здания образовалась так называемая «палатка», в которой производились захоронения, так же, как и в самом здании Благовещенской церкви, где сразу было предусмотрено строительство усыпальниц на двадцать пять мест. В 1822 году к зданию пристроили одноэтажную заалтарную ризницу, которая вместе с «палаткой» и пристройкой к первому уступу Духовского корпуса несколько исказили его облик.
При Екатерине I и А. Д. Меншикове строительство продолжалось с прежним размахом. Швертфегер, получавший теперь непосредственные распоряжения от Меншикова, оказался во главе строительных работ, которые были частью грандиозной стройки города.